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銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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帖子: 67
在線: 24.2小時
蟲號: 2404293
注冊: 2013-04-06
專業(yè): 有機(jī)合成

[求助] 求助sybyl 實現(xiàn)如下操作。（視頻或圖文并茂）

一、能量優(yōu)化。1）限制蛋白質(zhì)和配體小分子（300kcal/mo·Å2)。2、限制蛋白質(zhì)的骨架和小分子，優(yōu)化殘基的側(cè)鏈。3、限制蛋白質(zhì)骨架α碳原子和小分子配體上的重原子，同時減小限制力(200 kcal/mol·Å2)。4、限制蛋白質(zhì)骨架上的α碳原子，并且進(jìn)一步減小限制力(0.5 kcal/mol·Å2)。5、放開限制，對整個體系進(jìn)行優(yōu)化。能量優(yōu)化過程中每步都優(yōu)化2000步，前1000步為最陡下降法，后1000步為共軛梯度法。
二、分子模擬。1、用1ps的時間使體系的溶劑環(huán)境從10K升溫到110K，對蛋白質(zhì)和配體小分子進(jìn)行限制(300 kcal/mol·Å2)。2、用10ps時間將體系從10K升溫到298.25K。3、采用比較弱的限制限制體系中比較重要但是不是非常穩(wěn)定的水橋氫鍵作用，一般時間設(shè)置為10-300ps根據(jù)具體情況選擇。4、放開所有限制，進(jìn)行模擬。前兩步升溫在恒容條件下進(jìn)行，后兩步在恒溫恒壓下進(jìn)行。

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1樓 2020-04-04 09:16:02

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王凱W.K.

禁蟲 (初入文壇)

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2樓2020-06-04 17:51:12