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求助sybyl 實現(xiàn)如下操作。（視頻或圖文并茂）
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一、能量優(yōu)化。1）限制蛋白質和配體小分子（300kcal/mo·Å2)。2、限制蛋白質的骨架和小分子，優(yōu)化殘基的側鏈。3、限制蛋白質骨架α碳原子和小分子配體上的重原子，同時減小限制力(200 kcal/mol·Å2)。4、限制蛋白質骨架上的α碳原子，并且進一步減小限制力(0.5 kcal/mol·Å2)。5、放開限制，對整個體系進行優(yōu)化。能量優(yōu)化過程中每步都優(yōu)化2000步，前1000步為最陡下降法，后1000步為共軛梯度法。 二、分子模擬。1、用1ps的時間使體系的溶劑環(huán)境從10K升溫到110K，對蛋白質和配體小分子進行限制(300 kcal/mol·Å2)。2、用10ps時間將體系從10K升溫到298.25K。3、采用比較弱的限制限制體系中比較重要但是不是非常穩(wěn)定的水橋氫鍵作用，一般時間設置為10-300ps根據(jù)具體情況選擇。4、放開所有限制，進行模擬。前兩步升溫在恒容條件下進行，后兩步在恒溫恒壓下進行。 |
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2樓2020-06-04 17:51:12
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