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miaojiu2012新蟲 (初入文壇)
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[交流]
基因組保守蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育分析 已有1人參與
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查到文獻(xiàn)中方法是這樣的： 1.從 N個 基因組中相互檢索所有蛋白質(zhì)（使用 all vs. all BLAST search），根據(jù)檢索得到結(jié)果將蛋白分為不同家族，再進(jìn)行進(jìn)一步的 比較分析，結(jié)合 Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)，獲得在 N個 基因組中均保守蛋白。 2.分別對每個蛋白運(yùn)用 QuickProbs 2 軟件進(jìn)行比對，然后運(yùn)用 TrimAl軟件對 比對結(jié)果進(jìn)行修剪，移除有太多 gaps 的列，其中 cutoff 值選-gt 0.8。 最后，使用 FastTree的最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。 求問下 cutoff 值選-gt 0.8和Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)是哪里來的依據(jù)呢？ 謝謝 |
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miaojiu2012
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3樓2020-01-29 15:53:43
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