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晨曦CXL至尊木蟲 (文壇精英)
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[交流]
關(guān)于相對熒光定量1×的定義的困惑
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我最近在做相對熒光定量，探究1種病毒單獨(dú)感染和2病毒共同感染，對細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞凋亡因子表達(dá)量的影響，病毒感染細(xì)胞后，需要分不同時(shí)間點(diǎn)收取細(xì)胞。參考了一些文獻(xiàn)，多數(shù)人是用0小時(shí)未感染病毒細(xì)胞內(nèi)目的mRNA的量定義為1×，就是感染病毒的細(xì)胞，不同時(shí)間點(diǎn)收集的樣品，都以此為參照，算出凋亡因子的相對表達(dá)量(但每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的陰性對照，細(xì)胞內(nèi)的凋亡因子量也會隨著時(shí)間發(fā)生變化，上調(diào)或者下調(diào)，那么最終出來的數(shù)據(jù)，做出柱狀圖，怎么就能判斷是病毒造成的影響呢，而不是細(xì)胞的自然凋亡？看到別人做的柱狀圖，沒有把每個(gè)時(shí)間點(diǎn)陰性對照凋亡因子的表達(dá)變化量做進(jìn)去。這樣能說明問題嗎)。還有另一種方法，就是按不同時(shí)間點(diǎn)處理數(shù)據(jù)，就是每個(gè)時(shí)間點(diǎn)都有一個(gè)陰性對照，把它的相關(guān)凋亡因子的量定義為1×，把感染組與它比較，最后再把不同時(shí)間點(diǎn)的數(shù)據(jù)匯集到一起，比較隨著時(shí)間變化，相關(guān)凋亡因子表達(dá)量的變化。(但這樣也存在一個(gè)問題，就是每個(gè)時(shí)間點(diǎn)陰性對照凋亡因子mRNA的表達(dá)量是不一致的，最后把不同時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)匯總比較是有問題的，因?yàn)椴煌瑫r(shí)間點(diǎn)定義1×的標(biāo)準(zhǔn)不一樣)所以現(xiàn)在比較糾結(jié)，不知道拿哪個(gè)時(shí)間點(diǎn)的陰性對照相關(guān)凋亡因子表達(dá)量定義為1×？？？？麻煩，知道的大佬點(diǎn)播一下。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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晨曦CXL
至尊木蟲 (文壇精英)
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- 專業(yè): 基礎(chǔ)物理學(xué)
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我說的不同時(shí)間點(diǎn)匯總，意思是每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的陰性對照都定義為1×，每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的感染組都會得出來一個(gè)相對表達(dá)量(RQ)的值，然后把每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的處理組的RQ值匯總，做柱狀圖，比較大小，看隨著時(shí)間變化，基因表達(dá)量的變化。但這樣比是有問題的，因?yàn)槊總�(gè)時(shí)間點(diǎn)定義為1×的值的標(biāo)準(zhǔn)也不一樣(陰性對照組相關(guān)基因也是會隨時(shí)間發(fā)生變化的)，所以最后匯總比較RQ值的大小，這個(gè)“大小”其實(shí)是不能說明問題的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-01-07 10:45:18
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
晨曦CXL: 金幣+8 2020-01-06 23:48:44
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
晨曦CXL: 金幣+8 2020-01-06 23:48:44
| 講道理的話應(yīng)該每個(gè)時(shí)間點(diǎn)都有對照，比如說3個(gè)時(shí)間點(diǎn)0d,1d,2d，都是感染組和對照組分別對照。兩組最好都是多次實(shí)驗(yàn)。比較的結(jié)果應(yīng)該是“第二天的時(shí)候出現(xiàn)區(qū)別”，或者“第一天就開始有區(qū)別”這種。我不太清楚你所說的匯總比較是啥意思，如果結(jié)論只是想知道“有沒有變化”而不需要時(shí)間的信息，那么可以選幾個(gè)大區(qū)間的時(shí)間點(diǎn)比如（相對于上面的0-2天）“0d,1d,5d,10d”看哪一天有統(tǒng)計(jì)學(xué)區(qū)別用哪一個(gè)數(shù)據(jù)就好了。 |
2樓2020-01-06 22:21:13
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