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晨曦CXL至尊木蟲 (文壇精英)
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[交流]
關(guān)于相對熒光定量1×的定義的困惑
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我最近在做相對熒光定量，探究1種病毒單獨感染和2病毒共同感染，對細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞凋亡因子表達(dá)量的影響，病毒感染細(xì)胞后，需要分不同時間點收取細(xì)胞。參考了一些文獻(xiàn)，多數(shù)人是用0小時未感染病毒細(xì)胞內(nèi)目的mRNA的量定義為1×，就是感染病毒的細(xì)胞，不同時間點收集的樣品，都以此為參照，算出凋亡因子的相對表達(dá)量(但每個時間點的陰性對照，細(xì)胞內(nèi)的凋亡因子量也會隨著時間發(fā)生變化，上調(diào)或者下調(diào)，那么最終出來的數(shù)據(jù)，做出柱狀圖，怎么就能判斷是病毒造成的影響呢，而不是細(xì)胞的自然凋亡？看到別人做的柱狀圖，沒有把每個時間點陰性對照凋亡因子的表達(dá)變化量做進去。這樣能說明問題嗎)。還有另一種方法，就是按不同時間點處理數(shù)據(jù)，就是每個時間點都有一個陰性對照，把它的相關(guān)凋亡因子的量定義為1×，把感染組與它比較，最后再把不同時間點的數(shù)據(jù)匯集到一起，比較隨著時間變化，相關(guān)凋亡因子表達(dá)量的變化。(但這樣也存在一個問題，就是每個時間點陰性對照凋亡因子mRNA的表達(dá)量是不一致的，最后把不同時間點數(shù)據(jù)匯總比較是有問題的，因為不同時間點定義1×的標(biāo)準(zhǔn)不一樣)所以現(xiàn)在比較糾結(jié)，不知道拿哪個時間點的陰性對照相關(guān)凋亡因子表達(dá)量定義為1×？？？？麻煩，知道的大佬點播一下。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
晨曦CXL: 金幣+8 2020-01-06 23:48:44
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
晨曦CXL: 金幣+8 2020-01-06 23:48:44
| 講道理的話應(yīng)該每個時間點都有對照，比如說3個時間點0d,1d,2d，都是感染組和對照組分別對照。兩組最好都是多次實驗。比較的結(jié)果應(yīng)該是“第二天的時候出現(xiàn)區(qū)別”，或者“第一天就開始有區(qū)別”這種。我不太清楚你所說的匯總比較是啥意思，如果結(jié)論只是想知道“有沒有變化”而不需要時間的信息，那么可以選幾個大區(qū)間的時間點比如（相對于上面的0-2天）“0d,1d,5d,10d”看哪一天有統(tǒng)計學(xué)區(qū)別用哪一個數(shù)據(jù)就好了。 |
2樓2020-01-06 22:21:13
晨曦CXL
至尊木蟲 (文壇精英)
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我說的不同時間點匯總，意思是每個時間點的陰性對照都定義為1×，每個時間點的感染組都會得出來一個相對表達(dá)量(RQ)的值，然后把每個時間點的處理組的RQ值匯總，做柱狀圖，比較大小，看隨著時間變化，基因表達(dá)量的變化。但這樣比是有問題的，因為每個時間點定義為1×的值的標(biāo)準(zhǔn)也不一樣(陰性對照組相關(guān)基因也是會隨時間發(fā)生變化的)，所以最后匯總比較RQ值的大小，這個“大小”其實是不能說明問題的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-01-07 10:45:18
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