 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (4510)
- >考研 (759)
- >導(dǎo)師招生 (630)
- >文獻(xiàn)求助 (207)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (157)
- >考博 (141)
- >博后之家 (113)
- >碩博家園 (98)
- >休閑灌水 (73)
- >基金申請(qǐng) (70)
- >論文投稿 (68)
- >公派出國(guó) (42)
- >招聘信息布告欄 (36)
- >找工作 (25)
- >教師之家 (23)
- >SciFinder/Reaxys (20)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4046 | 回復(fù): 8 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話(huà)題的所有回帖 | |||
valenhou001至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
|
[交流]
從VASP的OUTCAR提取xyz以及結(jié)構(gòu)優(yōu)化的軌跡 已有4人參與
|
||
|
將以下內(nèi)容考慮至一個(gè)文件，比如命名為getvaspxyz.sh，然后將它的屬性改為可執(zhí)行的, chmod +x getvaspxyz.sh。另外在linux下，還可能需要使用命令dos2unix來(lái)去掉文件里每行多余隱藏的字符：dos2unix getvaspxyz.sh。在含有OUTCAR文件的目錄下運(yùn)行g(shù)etvaspxyz.sh，就可以取出原子的位置，以及原子所受的力。按xyz的格式輸出。 xyz格式的文件可以用Jmol等軟件來(lái)可視化。 一個(gè)缺點(diǎn)就是，如果所計(jì)算的體系所包含的原子個(gè)數(shù)比較多，另外結(jié)構(gòu)弛豫的步數(shù)比較多的話(huà)，在得到軌跡文件比較慢。 #!/bin/bash pwd1=`echo ${PWD##*/}` natom=`grep \'NIONS\' OUTCAR|tail -1 |awk \'{printf "%s\\n", $12}\'` last=`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR |tail -1` iaf=`echo "$last - 2 - $natom" |bc -l ` echo $natom > opt.xyz sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >>opt.xyz echo "The latest atomic positions are written to opt.xyz!" iptc=`grep \'ions per type =\' OUTCAR|tail -1 ` ipt=(`echo "${iptc##*=}"`) ats=(`grep \'VRHFIN =\' OUTCAR | sed -e \'s/=/ /g\' |sed -e \'s/:/ /g\'| awk \'{printf "%s\\n", $2}\' `) ntp=${#ipt[@]} i=2 for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" opt.xyz done done cp opt.xyz opt-"$pwd1".xyz nstep=(`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR `) etot=(`grep \'energy without entropy=\' OUTCAR |awk \'{printf "%20.8f\\n", $4}\' `) myFile="trajec.xyz" if [ ! -e "$myFile" ]; then echo $natom > $myFile sed -i \'1d\' $myFile fi for k in `seq 0 $((${#nstep[@]}-1))`;do iaf=`echo "${nstep[k]} - 2 - $natom" |bc -l ` if [ $k -eq 0 ];then echo $natom > $myFile else echo $natom >> $myFile fi sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >> $myFile i=`echo "$k * ($natom+2) + 2"|bc -l` sed -i "$i s/^/#Etotal: ${etot[k]} eV/" $myFile for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" $myFile done done done echo "The atomic positions in each optimization step are written to trajec.xyz!" cp trajec.xyz trajec-"$pwd1".xyz |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
lion_tiger» 猜你喜歡
085600 材料與化工 295 求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
NSFC申報(bào)書(shū)里申請(qǐng)人簡(jiǎn)歷中代表性論著還需要在申報(bào)書(shū)最后的附件里面再上傳一遍嗎
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
紡織、生物、化學(xué)、材料相關(guān)專(zhuān)業(yè)招生了
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料與化工085600調(diào)劑求老師收留
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
面上和青基一樣限30頁(yè)不合理
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
308 085701 四六級(jí)已過(guò)求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿河海大學(xué)085900土木水利專(zhuān)碩279求調(diào)劑不挑專(zhuān)業(yè)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
伙伴們，祝我生日快樂(lè)吧
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
281求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
輕輕飄過(guò)之
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 2909.3
- 散金: 189
- 紅花: 2
- 帖子: 472
- 在線(xiàn): 217.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1401636
- 注冊(cè): 2011-09-14
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
7樓2019-10-30 09:35:05
lion_tiger
至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 16647
- 紅花: 9
- 帖子: 579
- 在線(xiàn): 1525.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1598434
- 注冊(cè): 2012-02-03
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 固體力學(xué)
2樓2019-10-29 16:45:23
zuocuiping
木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 5069.9
- 散金: 966
- 紅花: 60
- 帖子: 4021
- 在線(xiàn): 1596.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 890422
- 注冊(cè): 2009-11-01
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 半導(dǎo)體光電子器件
3樓2019-10-29 18:01:05
valenhou001
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
- 1ST強(qiáng)帖: 13
- 應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
- 金幣: 25701.7
- 散金: 602
- 紅花: 166
- 帖子: 3782
- 在線(xiàn): 873.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1007127
- 注冊(cè): 2010-04-27
- 專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
4樓2019-10-29 20:13:04
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | Koxui 2026-03-12 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085701環(huán)境工程專(zhuān)碩求調(diào)劑 +7 | 幼稚園大班打手 2026-03-08 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +5 | Liyouyumairs 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | zchqwer 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +13 | 王曉陽(yáng)- 2026-03-09 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑，一志愿陜師大生物學(xué) +3 | ??????.?.??? 2026-03-09 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程307，求調(diào)劑 +7 | 我要燃燒你的夢(mèng) 2026-03-08 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +3 | 唐薏薏 2026-03-09 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥319分求調(diào)劑 +4 | Tolkien 2026-03-07 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工 一志愿山大 321分 求調(diào)劑 +6 | 每天散步 2026-03-09 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +4 | 上班不著吉 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 2026級(jí)碩士研究生招生/調(diào)劑 +3 | 知足常樂(lè)的樂(lè) 2026-03-06 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 數(shù)二英二309分請(qǐng)求調(diào)劑 +3 | dtdxzxx 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 辛仁豆腐 2026-03-08 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，數(shù)一英一274分 +4 | 小菲會(huì)努力 2026-03-08 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 337求調(diào)劑 +3 | 睡醒，。 2026-03-09 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，總分309分，一志愿華南師范 +3 | 花與葉@ 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑，工科，總分304 +4 | 矮子不想長(zhǎng)高了 2026-03-08 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，不管什么專(zhuān)業(yè)，我是可塑造的人才一枚，希望遇到知己老師撈撈我 +4 | 13102137290 2026-03-06 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +5 | 呼呼？~+123456 2026-03-05 | 5/250 |
|