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valenhou001至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[交流]
從VASP的OUTCAR提取xyz以及結(jié)構(gòu)優(yōu)化的軌跡 已有4人參與
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將以下內(nèi)容考慮至一個(gè)文件，比如命名為getvaspxyz.sh，然后將它的屬性改為可執(zhí)行的, chmod +x getvaspxyz.sh。另外在linux下，還可能需要使用命令dos2unix來去掉文件里每行多余隱藏的字符：dos2unix getvaspxyz.sh。在含有OUTCAR文件的目錄下運(yùn)行g(shù)etvaspxyz.sh，就可以取出原子的位置，以及原子所受的力。按xyz的格式輸出。 xyz格式的文件可以用Jmol等軟件來可視化。 一個(gè)缺點(diǎn)就是，如果所計(jì)算的體系所包含的原子個(gè)數(shù)比較多，另外結(jié)構(gòu)弛豫的步數(shù)比較多的話，在得到軌跡文件比較慢。 #!/bin/bash pwd1=`echo ${PWD##*/}` natom=`grep \'NIONS\' OUTCAR|tail -1 |awk \'{printf "%s\\n", $12}\'` last=`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR |tail -1` iaf=`echo "$last - 2 - $natom" |bc -l ` echo $natom > opt.xyz sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >>opt.xyz echo "The latest atomic positions are written to opt.xyz!" iptc=`grep \'ions per type =\' OUTCAR|tail -1 ` ipt=(`echo "${iptc##*=}"`) ats=(`grep \'VRHFIN =\' OUTCAR | sed -e \'s/=/ /g\' |sed -e \'s/:/ /g\'| awk \'{printf "%s\\n", $2}\' `) ntp=${#ipt[@]} i=2 for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" opt.xyz done done cp opt.xyz opt-"$pwd1".xyz nstep=(`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR `) etot=(`grep \'energy without entropy=\' OUTCAR |awk \'{printf "%20.8f\\n", $4}\' `) myFile="trajec.xyz" if [ ! -e "$myFile" ]; then echo $natom > $myFile sed -i \'1d\' $myFile fi for k in `seq 0 $((${#nstep[@]}-1))`;do iaf=`echo "${nstep[k]} - 2 - $natom" |bc -l ` if [ $k -eq 0 ];then echo $natom > $myFile else echo $natom >> $myFile fi sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >> $myFile i=`echo "$k * ($natom+2) + 2"|bc -l` sed -i "$i s/^/#Etotal: ${etot[k]} eV/" $myFile for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" $myFile done done done echo "The atomic positions in each optimization step are written to trajec.xyz!" cp trajec.xyz trajec-"$pwd1".xyz |
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在用jmol顯示這個(gè)腳本所提取出來的軌跡時(shí)。通過在jmol的控制臺(tái)使用如下命令： set vectorScale 5.0 set vectorsCentered set vectorSymmetry FALSE set vibrationPeriod 2.0 set vibrationScale 2.0 set defaults PyMOL vector ON vector 0.05 vibration ON 可以用來顯示原子所受的力的矢量。 或者將以上幾行命令放到一個(gè)文件比如名為"label.spt"的文件中，然后將該文件通過鼠標(biāo)拖到j(luò)mol已打開了原子軌跡顯示的窗口，那這些原子上就會(huì)顯示出相應(yīng)所受的力的矢量，以及原子沿著這個(gè)矢量上的振動(dòng)，這樣可以很清楚地看到那個(gè)原子受的力是很大。 |
9樓2019-11-13 10:15:23
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