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zmcwangyang鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
做分子對接的蛋白結(jié)構(gòu)如何選擇？ 已有2人參與
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| 新人求助，做分子對接時(shí)，在PDB數(shù)據(jù)庫中搜索蛋白，遇到同一個(gè)蛋白具有多個(gè)結(jié)構(gòu)的情況，比如NR5A2具有1YOK、1YUC、3PLZ等多種結(jié)構(gòu)，該選擇哪個(gè)結(jié)構(gòu)來進(jìn)行分子對接，選擇的理由是什么？求助各位大神，謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zmcwangyang: 金幣+3, ★有幫助 2019-08-16 15:57:53
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| 需要先了解這些所解析的晶體結(jié)構(gòu)是否已經(jīng)包含了擬對接分子的潛在結(jié)合位點(diǎn)，還需注意晶體結(jié)構(gòu)中蛋白序列是否為野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起構(gòu)象變化的特殊有機(jī)溶劑和別構(gòu)效應(yīng)分子等。如果系列晶體結(jié)構(gòu)的性質(zhì)都類似，選擇分辨率最高的。 |
zmcwangyang2樓2019-08-15 08:08:38
zmcwangyang
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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3樓2019-08-15 17:02:36
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