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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 如何模擬分子自組裝結(jié)果？
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qianqiuxue5683木蟲 (正式寫手)
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如何模擬分子自組裝結(jié)果？
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一個具有特定結(jié)構(gòu)的分子，比如是萘環(huán)，把這樣的分子放入特定溶劑中，隨著溫度降低，分子在溶劑中會有一些自組裝行為，比如溶解度下降-析出結(jié)晶等等。或者一個分子的熔融狀態(tài)，隨著溫度降低，分子會自發(fā)組裝成晶體或無定形體。類似這樣的自組裝行為（主要是相變）用什么軟件能夠模擬呢？希望大家指導。謝謝。 |
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qianqiuxue5683
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3樓2019-07-01 13:27:36
wengxuanzhou
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4樓2019-07-02 10:21:31
qianqiuxue5683
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送紅花一朵 |
謝謝回復。我試過MS中的幾個模塊，不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子，在其中放入分子，無論如何也得不到自組裝成的晶體結(jié)構(gòu)，這個模塊好像就是為無定形結(jié)構(gòu)設計的；Polymorph模塊下建的盒子（其實是個單胞），得到的總是晶體結(jié)構(gòu)，其實這個模塊就是預測晶體結(jié)構(gòu)的，不算自組裝。難道是用Forcite模塊嗎？用Amorphous Cell建好無定形盒子后，用Forcite跑了幾次，感覺不算是真正的自組裝，結(jié)構(gòu)很亂。也許是我的參數(shù)設置不合理。再試試。多謝多謝。 |
5樓2019-07-02 20:13:05
wengxuanzhou
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用介觀方法，比如DPD，還有就是沒那么簡單就能出結(jié)果，你看文獻可能覺得沒啥，那也是人家花了很多精力搞出來的啊 [ 發(fā)自手機版 http://m.gaoyang168.com/3g ] |
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6樓2019-07-02 21:31:10
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