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qianqiuxue5683木蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何模擬分子自組裝結(jié)果?
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一個具有特定結(jié)構(gòu)的分子,比如是萘環(huán),把這樣的分子放入特定溶劑中,隨著溫度降低,分子在溶劑中會有一些自組裝行為,比如溶解度下降-析出結(jié)晶等等。或者一個分子的熔融狀態(tài),隨著溫度降低,分子會自發(fā)組裝成晶體或無定形體。類似這樣的自組裝行為(主要是相變)用什么軟件能夠模擬呢?希望大家指導(dǎo)。謝謝。![]() |
版主 (正式寫手)

木蟲 (正式寫手)
鐵蟲 (小有名氣)

木蟲 (正式寫手)
送紅花一朵 |
謝謝回復(fù)。我試過MS中的幾個模塊,不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子,在其中放入分子,無論如何也得不到自組裝成的晶體結(jié)構(gòu),這個模塊好像就是為無定形結(jié)構(gòu)設(shè)計的;Polymorph模塊下建的盒子(其實是個單胞),得到的總是晶體結(jié)構(gòu),其實這個模塊就是預(yù)測晶體結(jié)構(gòu)的,不算自組裝。難道是用Forcite模塊嗎?用Amorphous Cell建好無定形盒子后,用Forcite跑了幾次,感覺不算是真正的自組裝,結(jié)構(gòu)很亂。也許是我的參數(shù)設(shè)置不合理。再試試。多謝多謝。 ![]() |
鐵蟲 (小有名氣)
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用介觀方法,比如DPD,還有就是沒那么簡單就能出結(jié)果,你看文獻可能覺得沒啥,那也是人家花了很多精力搞出來的啊 [ 發(fā)自手機版 http://m.gaoyang168.com/3g ] |

鐵蟲 (小有名氣)
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AC只是建模的工具,forcite也可以,不過更難弄 [ 發(fā)自手機版 http://m.gaoyang168.com/3g ] |

木蟲 (正式寫手)
木蟲 (正式寫手)

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