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流浪貓小琪

銀蟲 (正式寫手)

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[交流] 如何使用CBS-QB3尋找過渡態(tài)

已在其他水平下找到了過渡態(tài)，打算在此基礎(chǔ)上使用CBS-QB3水平下通過IRCmax尋找過渡態(tài)，不知道如何寫輸入文件。想請教一個CBS-QB3做IRCmax的輸入文件。

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1樓 2019-05-15 11:57:24

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這個沒法一步完成。
一般來說IRCMax寫法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含義是是在方法1的IRC途徑上用方法2在每一個點(diǎn)都做單點(diǎn)能計算，找出其中能量最高的點(diǎn)。  但是CBS-QB3是一個多步驟的方法其中還包含了第一步一個opt步驟所以這個不能直接寫的。
高斯說明書的原話也是這樣說的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是屬于 compound energy method。所以沒法直接寫。如果需要就只能分步驟人工計算
第一步先用方法1 算IRC ，
第二步自己提取IRC上每一個點(diǎn)的結(jié)構(gòu) 逐一用CBS-QB3做一次單點(diǎn)能（如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自動跳過其中的opt步驟，給出能量）。但是G09不支持這個寫法，那么就要人工來做整個CBS步驟人為跳過opt步驟。

CBS-QB3除去優(yōu)化的話需要進(jìn)行四步驟
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把這四部分的計算都用--link1--來隔開寫在同一個文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  這個網(wǎng)站可以幫你按照CBS-qb3的公式分別取這幾個計算中有用的部分加加減減得到最后的能量。

然后對每一個點(diǎn)都要做一次這些運(yùn)算。整個運(yùn)算步驟還是挺多的。

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流浪貓小琪

7樓2019-05-15 14:27:13

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paramecium86

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13樓: Originally posted by 流浪貓小琪 at 2019-05-15 22:42:51
那還有沒有其他的高精度的方法可以直接計算過渡態(tài)呢？我這個過渡態(tài)還是蠻多的。...

還是可以用ircmax方法只不過把CBS-QB3 換成比如說其它方法算單點(diǎn)能比如說 CCSD(T)就可以。IRC搜尋部分用你習(xí)慣用的泛函或者什么其它相對比較省時間的方法比如說寫成 IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-311g(d)) 一般就還挺準(zhǔn)的了

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16樓2019-05-18 00:38:20

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paramecium86

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這個是因?yàn)槟阌脄matrix來寫坐標(biāo) 確沒有給出要優(yōu)化的變量

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

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28樓2019-05-24 01:37:11

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muzi0104

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11樓2019-05-16 07:42:38

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7樓: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
這個沒法一步完成。
一般來說IRCMax寫法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含義是是在方法1的IRC途徑上用方法2在每一個點(diǎn)都做單點(diǎn)能計算，找出其中能量最高的點(diǎn)。但是CBS-QB3是一個多步驟的方法其中還包含了第一步 ...

那還有沒有其他的高精度的方法可以直接計算過渡態(tài)呢？我這個過渡態(tài)還是蠻多的。

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13樓2019-05-16 11:42:51

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zuiaixuexi

至尊木蟲 (文壇精英)

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20樓2019-05-19 09:33:22

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16樓: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-18 00:38:20
還是可以用ircmax方法只不過把CBS-QB3 換成比如說其它方法算單點(diǎn)能比如說 CCSD(T)就可以。IRC搜尋部分用你習(xí)慣用的泛函或者什么其它相對比較省時間的方法比如說寫成 IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-3 ...

謝謝前輩指點(diǎn)。我有個疑問，我是使用超算計算過渡態(tài)及IRC的。關(guān)于IRCmax關(guān)鍵詞，我應(yīng)該怎么樣用呢？因?yàn)橹苯佑肐RCmax替代IRC，輸出文件總是顯示route card not found。IRCmax的輸入文件是不是包括低水平的IRC計算的chk文件？

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23樓2019-05-22 22:17:29

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paramecium86

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引用回帖:

23樓: Originally posted by 流浪貓小琪 at 2019-05-22 09:17:29
謝謝前輩指點(diǎn)。我有個疑問，我是使用超算計算過渡態(tài)及IRC的。關(guān)于IRCmax關(guān)鍵詞，我應(yīng)該怎么樣用呢？因?yàn)橹苯佑肐RCmax替代IRC，輸出文件總是顯示route card not found。IRCmax的輸入文件是不是包括低水平的IRC計算的 ...

你的input是怎么寫的呢？或者把output文件發(fā)上來看看

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流浪貓小琪

24樓2019-05-22 23:28:14

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24樓: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-22 23:28:14
你的input是怎么寫的呢？或者把output文件發(fā)上來看看...

前輩，這是今天的IRCmax的輸入輸出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的測試。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O
H                1 0.96474388
H                1 2.52324319 2 96.16865489
C                1 1.37453100 2  110.36391138 3  -68.07987935 0
O                4 1.18920427 1  124.02515701 2  -96.13403058 0
S                4 1.79329724 1  114.57558758 5 -177.11988964 0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

output 文件
%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%LindaWorker=ys0716,yg0926,ys1047,ys1147,ys1438,ys0428,ys1521,ys1112,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE: new flags=" -nodelist 'ys0716 yg0926 ys1047 ys1147 ys1438 ys0428 ys1521 ys1112'"
Will use up to 8 processors via Linda.
---------------------------------------------------
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
---------------------------------------------------
You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe at Thu May 23 01:19:37 2019.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

以前在超算上面計算IRC時候，我都是直接從過渡態(tài)結(jié)構(gòu)直接進(jìn)行計算，沒有用過chk文件。

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25樓2019-05-23 01:28:35

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paramecium86

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引用回帖:

25樓: Originally posted by 流浪貓小琪 at 2019-05-22 12:28:35
前輩，這是今天的IRCmax的輸入輸出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的測試。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W ...

嗯可以直接從結(jié)構(gòu)開始。那是提示的意思不是說要你一定得讀取chk 但是和IRC一樣是必須要規(guī)定如何計算FC 也就是如果從chk讀取FC 就要計算FC，用CalcFC命令。或者是每一個irc點(diǎn)都重新計算一次FC，那就是用calcall關(guān)鍵詞。總之因?yàn)橐嬎鉌orce constant 所以必須加入一個命令去調(diào)控去計算FC。所以你可以寫成 #p IRCmax(calcfc, B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm

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26樓2019-05-23 07:52:40

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26樓: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-23 07:52:40
嗯可以直接從結(jié)構(gòu)開始。那是提示的意思不是說要你一定得讀取chk 但是和IRC一樣是必須要規(guī)定如何計算FC 也就是如果從chk讀取FC 就要計算FC，用CalcFC命令。或者是每一個irc點(diǎn)都重新計算一次FC，那就是用calca ...

還是有問題。
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O
H                1 0.96474388
H                1 2.52324319 2 96.16865489
C                1 1.37453100 2  110.36391138 3  -68.07987935 0
O                4 1.18920427 1  124.02515701 2  -96.13403058 0
S                4 1.79329724 1  114.57558758 5 -177.11988964 0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

輸出文件
%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%LindaWorker=yg0923,yg1048,ys1030,ys0736,yg0935,ys0730,ys0934,yg0946,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE: new flags=" -nodelist 'yg0923 yg1048 ys1030 ys0736 yg0935 ys0730 ys0934 yg0946'"
Will use up to 8 processors via Linda.
----------------------------------------------------------
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
----------------------------------------------------------
1/10=4,14=-1,18=40,26=3,29=120000,38=1,44=3,58=1/1,15;
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=2,74=-5,140=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1,31=1/1,2,10;
10/6=1,31=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/8=1,10=1,18=20,25=1,30=1/1,2,3,16;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,58=1/15(1);
99/5=20/99;
2/15=1,29=3/2;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=3,58=1/15(-5);
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
1/14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/8=1,30=1,45=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=1,58=1/15(-15);
2/15=1,29=3/2;
99/5=20,9=1/99;
Leave Link 1 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem=          0 cpu:       1.2
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l101.exe)
------------------
RE-W8-W8 TS Search
------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                   1    0.96474
H                   1    2.52324  2    96.16865
C                   1    1.37453  2    110.36391  3 -68.07988  0
O                   4    1.1892 1    124.02516  2 -96.13403  0
S                   4    1.7933 1    114.57559  5 -177.11989  0

NAtoms=    6 NQM=       6 NQMF=    0 NMMI=    0 NMMIF=    0
            NMic=    0 NMicF=    0.
                  Isotopes and Nuclear Properties:
(Nuclear quadrupole moments (NQMom) in fm**2, nuclear magnetic moments (NMagM)
  in nuclear magnetons)

  Atom       1          2          3          4          5          6
IAtWgt=       16          1          1       12       16       32
AtmWgt=  15.9949146 1.0078250 1.0078250  12.0000000  15.9949146  31.9720718
NucSpn=          0          1          1          0          0          0
AtZEff= 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
NQMom= 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
NMagM= 0.0000000 2.7928460 2.7928460 0.0000000 0.0000000 0.0000000
AtZNuc= 8.0000000 1.0000000 1.0000000 6.0000000 8.0000000  16.0000000
Leave Link  101 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem= 33554432 cpu:       1.5
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Berny reaction coordinate optimization.
There are no variables to optimize!
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe at Thu May 23 17:20:46 2019.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

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27樓2019-05-23 17:29:50

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28樓: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-24 01:37:11
這個是因?yàn)槟阌脄matrix來寫坐標(biāo) 確沒有給出要優(yōu)化的變量

謝謝前輩指點(diǎn)。CCSD(T)/aug-cc-pVTZ做IRCmax怎么耗這么多時間，我在超算開60核，已經(jīng)運(yùn)行了40個小時了還沒有結(jié)果，體系只有S1O2H2C六個原子。

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29樓2019-05-26 01:21:09

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nono20092樓

2019-05-15 12:06 回復(fù)

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rocisky73樓

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time884樓

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yundaclgc5樓

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xiaoqiuqiu206樓

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tzynew8樓

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xautldhldh9樓

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youngen10樓

2019-05-15 21:18 回復(fù)

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miaojiabing12樓

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nono200914樓

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xautldhldh15樓

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xhmaohan17樓

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M塞北18樓

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dongmings19樓

2019-05-18 08:04 回復(fù)

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paperhunter21樓

2019-05-20 10:01 回復(fù)

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王鋒1688022樓

2019-05-20 11:39 回復(fù)

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