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1063301740鐵蟲 (正式寫手)
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[交流]
用圓二色譜預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的幾個(gè)問題 已有9人參與
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各位好，本人最近在做CD，想用得到的CD數(shù)據(jù)來預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)，主要有下面幾個(gè)問題： 1、單打CD譜，能不能利用軟件來得出主要的二級結(jié)構(gòu)相對含量？（有的軟件需要AA序列、AA殘基），如果沒有這些信息，單獨(dú)的CD譜數(shù)據(jù)是否就不能預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)？ 2、關(guān)于CD譜圖，原始數(shù)據(jù)是縱坐標(biāo)是millidegree（毫度），一定要把這個(gè)單位換成橢圓率（Average residue Ellipticities, deg.cm2.dmol-1，對于蛋白質(zhì)而言）嗎？有的帖子說這個(gè)數(shù)值可以這樣算：把實(shí)驗(yàn)中測定得到的mdeg值乘以10^6除以光徑(mm)再除以濃度(uM) 除以氨基酸殘基數(shù)，所得的值的即為average ellipticity [θ]（單位deg.cm2.dmol-1）了。但是按照這樣算，像蛋白質(zhì)這樣的大分子算出來的數(shù)據(jù)都是非常小的數(shù)值（10*-9），和別人文獻(xiàn)上的數(shù)據(jù)差距非常大。 3、用CDpro做出來的結(jié)果我看不懂，結(jié)果如下： SAMPLE: : SP1 PROGRAM: : CONTINLL Ref. Prot. Set: SMP56 Structure : H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd Fractions : .000 .000 .778 .000 .222 .000 RMSD(Exp-Calc): .425 NRMSD(Exp-Cal): .138 我想問下H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd， RMSD(Exp-Calc)， NRMSD(Exp-Cal)代表什么？ 小生感激涕零，謝謝大家 |
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8樓2020-10-07 16:36:37
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2樓2019-04-22 16:46:18
liang_shan
新蟲 (正式寫手)
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4樓2019-05-18 18:29:23
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