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1063301740鐵蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
用圓二色譜預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的幾個(gè)問(wèn)題 已有9人參與
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各位好，本人最近在做CD，想用得到的CD數(shù)據(jù)來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，主要有下面幾個(gè)問(wèn)題： 1、單打CD譜，能不能利用軟件來(lái)得出主要的二級(jí)結(jié)構(gòu)相對(duì)含量？（有的軟件需要AA序列、AA殘基），如果沒(méi)有這些信息，單獨(dú)的CD譜數(shù)據(jù)是否就不能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)？ 2、關(guān)于CD譜圖，原始數(shù)據(jù)是縱坐標(biāo)是millidegree（毫度），一定要把這個(gè)單位換成橢圓率（Average residue Ellipticities, deg.cm2.dmol-1，對(duì)于蛋白質(zhì)而言）嗎？有的帖子說(shuō)這個(gè)數(shù)值可以這樣算：把實(shí)驗(yàn)中測(cè)定得到的mdeg值乘以10^6除以光徑(mm)再除以濃度(uM) 除以氨基酸殘基數(shù)，所得的值的即為average ellipticity [θ]（單位deg.cm2.dmol-1）了。但是按照這樣算，像蛋白質(zhì)這樣的大分子算出來(lái)的數(shù)據(jù)都是非常小的數(shù)值（10*-9），和別人文獻(xiàn)上的數(shù)據(jù)差距非常大。 3、用CDpro做出來(lái)的結(jié)果我看不懂，結(jié)果如下： SAMPLE: : SP1 PROGRAM: : CONTINLL Ref. Prot. Set: SMP56 Structure : H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd Fractions : .000 .000 .778 .000 .222 .000 RMSD(Exp-Calc): .425 NRMSD(Exp-Cal): .138 我想問(wèn)下H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd， RMSD(Exp-Calc)， NRMSD(Exp-Cal)代表什么？ 小生感激涕零，謝謝大家 |
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2樓2019-04-22 16:46:18
liang_shan
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3樓2019-05-15 23:31:00
w273326605
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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我也用cdpro算了，完全懵逼，不知道得出來(lái)的是啥，有空可以一起交流 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2019-05-18 18:29:23
W.ml
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5樓2019-09-25 14:28:15
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6樓2019-11-03 11:16:17
嘟嘟嘟嘟嘟逗
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Winnie's
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9樓2020-10-13 20:29:10
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10樓2020-10-13 20:30:50
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