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15930258036新蟲 (小有名氣)
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在溶液動(dòng)力學(xué)模擬中,用amorohous cell建完盒子后,還需要優(yōu)化結(jié)構(gòu)嗎? 還沒(méi)有入行的小白,求指教 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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沒(méi)有一定做的說(shuō)法。 AC模塊構(gòu)建盒子時(shí),一般構(gòu)建好之后會(huì)自動(dòng)幾何優(yōu)化,最終呈現(xiàn)給你的結(jié)果,已經(jīng)是經(jīng)過(guò)幾何優(yōu)化的,當(dāng)然幾何優(yōu)化的精度不是很高。 人為設(shè)置不讓AC模塊自動(dòng)優(yōu)化,直接跑MD,只要不報(bào)錯(cuò),也沒(méi)問(wèn)題。 即便報(bào)錯(cuò),一般是說(shuō)兩步之間的能量差或者位移差太大。 總之,為了避免上述報(bào)錯(cuò),穩(wěn)妥起見(jiàn),自己先幾何優(yōu)化下,再跑MD。 不優(yōu)化直接跑,也不影響最終結(jié)果。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

新蟲 (小有名氣)
謝謝您,我還遇到了一個(gè)問(wèn)題,就是我在算溶劑化自由能,焓值總是不收斂,是哪出問(wèn)題了嗎?在400+ ,別的都還可以發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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