 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1048 | 回復(fù): 0 | |||
生信自學(xué)網(wǎng)鐵蟲 (小有名氣)
|
[交流]
線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR
|
|
線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR --光俊 隨著人類基因組逐漸被破譯，一張生命之圖將被繪制，人們的生活也將發(fā)生巨大變化。今天我們給大家介紹一個包，對于性基因組可視化來說，可謂是神來之筆。 記得多年前，剛接觸高通量測序，為了畫一張覆蓋度圖，花了一周時間寫代碼。那時用的辦法非常笨，不過總算能夠完成操作。我們可以描述一下大概的過程：我們是從bam文件出發(fā)，先把bam文件轉(zhuǎn)換為bed文件，有了bed文件以后，在對染色體劃分區(qū)段，比如10kb為一段，然后計算每個區(qū)段的覆蓋深度。然后在應(yīng)用復(fù)雜的R代碼，先把23挑染色體畫出來，然后再把每個區(qū)段的深度plot上去�，F(xiàn)在想想，聽起來就覺得復(fù)雜�，F(xiàn)在好了，這些復(fù)雜的工作，一個命令就搞定，這就是我們今天要介紹的karyoploteR包。 我們只要準(zhǔn)備簡單的輸入文件，就能完成漂亮的基因圖的繪制。比如我們做GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘的時候，得到了差異表達(dá)的表格，我們只需要利用差異表達(dá)里面基因名字和logFC，就能完成一張漂亮的基因組圖。 再比如，我們手頭有CNV或者基因融合的結(jié)果，我們就可以利用最原始的數(shù)據(jù)，繪制基因組圖。 更神奇的是，我們可以直接輸入bam文件，就能得到漂亮的圈圖。是不是很神奇，以前公司做項目，需要兩三千的圖形，現(xiàn)在只要幾個命令就能搞定，想學(xué)的趕緊加入我們生信自學(xué)網(wǎng)。 下面我們看一段腳本，非常簡單將bam直接可視化。 setwd("C:\\Users\\lexb4\\Desktop\\karyoploteR\\12.kpPlotBAMDensity"  library(karyoploteR) bamFile <- "input.bam" window.size <- 1e4 #compute the density with 10kb windows pdf(file="kpPlotBAMDensity.pdf",width=10,height=7) kp <- plotKaryotype(genome="hg38" kp <- kpPlotBAMDensity(kp, data = bamFile, window.size = window.size, r0=0, r1=1, ymax=600, col="darkorchid" kpAddBaseNumbers(kp, tick.dist=10000000, minor.tick.dist=1000000) dev.off() 接下來我們看看karyoploteR的效果圖，如下： |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
NSFC申報書里申請人簡歷中代表性論著還需要在申報書最后的附件里面再上傳一遍嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工296分求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
0703求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
（081700）化學(xué)工程與技術(shù)-298分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)材料與化工275求調(diào)劑
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
0857 資源與環(huán)境 285分
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料工程,326分，求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 生信自學(xué)網(wǎng) 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑 +3 | 瑪卡巴卡啊哈 2026-03-11 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 274環(huán)境工程求調(diào)劑 +8 | 扶柳盈江 2026-03-05 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | zchqwer 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[碩博家園] 深圳大學(xué)碩士招生（2026秋，傳感器方向，僅錄取第一志愿） +4 | xujiaoszu 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 420求調(diào)劑 +3 | 莫向外求11 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 標(biāo)題:撿漏預(yù)警|08工科/09農(nóng)學(xué)調(diào)劑!英語要求低，過線即有機會! +7 | 馬超放煙花 2026-03-07 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +5 | 呵唔哦豁 2026-03-10 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 315食品工程求調(diào)劑 +4 | Oreov0 2026-03-06 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 調(diào)劑的同學(xué)，走過路過，不要錯過
+11
|
likeihood 2026-03-06 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 物理學(xué)求調(diào)劑 +4 | sx宋 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 木蟲好像不熱鬧了，是不是？ +4 | 偏振片 2026-03-10 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +4 | 上班不著吉 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
295復(fù)試調(diào)劑
+4
|
簡木ChuFront 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0817找調(diào)劑 +6 | kk扛 2026-03-08 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 081700學(xué)碩一志愿北京化工大學(xué)數(shù)二英一過六級有競賽求調(diào)劑 +5 | galaxary 2026-03-07 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 085600材料與化工 292分 求調(diào)劑
+6
|
程晴之 2026-03-06 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 呼呼？~+123456 2026-03-06 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求調(diào)劑 +7 | 邱gl 2026-03-05 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +5 | ws 上岸鴨 2026-03-05 | 5/250 |
|