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線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR
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線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR --光俊 隨著人類基因組逐漸被破譯，一張生命之圖將被繪制，人們的生活也將發(fā)生巨大變化。今天我們給大家介紹一個包，對于性基因組可視化來說，可謂是神來之筆。 記得多年前，剛接觸高通量測序，為了畫一張覆蓋度圖，花了一周時間寫代碼。那時用的辦法非常笨，不過總算能夠完成操作。我們可以描述一下大概的過程：我們是從bam文件出發(fā)，先把bam文件轉(zhuǎn)換為bed文件，有了bed文件以后，在對染色體劃分區(qū)段，比如10kb為一段，然后計算每個區(qū)段的覆蓋深度。然后在應(yīng)用復(fù)雜的R代碼，先把23挑染色體畫出來，然后再把每個區(qū)段的深度plot上去�，F(xiàn)在想想，聽起來就覺得復(fù)雜。現(xiàn)在好了，這些復(fù)雜的工作，一個命令就搞定，這就是我們今天要介紹的karyoploteR包。 我們只要準(zhǔn)備簡單的輸入文件，就能完成漂亮的基因圖的繪制。比如我們做GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘的時候，得到了差異表達的表格，我們只需要利用差異表達里面基因名字和logFC，就能完成一張漂亮的基因組圖。 再比如，我們手頭有CNV或者基因融合的結(jié)果，我們就可以利用最原始的數(shù)據(jù)，繪制基因組圖。 更神奇的是，我們可以直接輸入bam文件，就能得到漂亮的圈圖。是不是很神奇，以前公司做項目，需要兩三千的圖形，現(xiàn)在只要幾個命令就能搞定，想學(xué)的趕緊加入我們生信自學(xué)網(wǎng)。 下面我們看一段腳本，非常簡單將bam直接可視化。 setwd("C:\\Users\\lexb4\\Desktop\\karyoploteR\\12.kpPlotBAMDensity"  library(karyoploteR) bamFile <- "input.bam" window.size <- 1e4 #compute the density with 10kb windows pdf(file="kpPlotBAMDensity.pdf",width=10,height=7) kp <- plotKaryotype(genome="hg38" kp <- kpPlotBAMDensity(kp, data = bamFile, window.size = window.size, r0=0, r1=1, ymax=600, col="darkorchid" kpAddBaseNumbers(kp, tick.dist=10000000, minor.tick.dist=1000000) dev.off() 接下來我們看看karyoploteR的效果圖，如下： |
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