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高斯掃描 已有1人參與
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| 用高斯做scan，設(shè)置了兩個(gè)掃描變量，都是鍵長，為什么掃描結(jié)果只有一個(gè)鍵長改變，另一個(gè)一直保持不變呢，希望各位大佬幫忙解答下 |
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paramecium86
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2樓2019-02-28 17:34:33
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您好，這是我的輸入和輸出文件  |
3樓2019-03-03 14:38:40
paramecium86
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【答案】應(yīng)助回帖
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小紅豆: 金幣+20, 感謝交流 2019-03-04 08:16:10
小紅豆: 金幣+20, 感謝交流 2019-03-04 08:16:10
| 從輸入文件可以看出這是一個(gè)雙變量各掃描10個(gè)值的柔性掃描。當(dāng)做雙變量柔性掃描的時(shí)候，高斯計(jì)算的順序是 先讓第二個(gè)變量取第1個(gè)值 保持不變 然后改變第一個(gè)變量的值從第1個(gè)算到第10個(gè)。然后再取第二個(gè)變量第2個(gè)值保持不變 再依次計(jì)算第一個(gè)變量的所有的值。依次循環(huán) 直到第二個(gè)變量所有值都被計(jì)算過。 目前這個(gè)輸出文件中 只有第一個(gè)變量改變 而第二個(gè)變量一直沒變的原因就是 還沒計(jì)算到第二個(gè)變量的第2個(gè)值 這個(gè)計(jì)算就出錯(cuò)停止了。這個(gè)分子大 柔性掃描不好算 尤其是算到最遠(yuǎn)離初始結(jié)構(gòu)的點(diǎn)的時(shí)候很容易出問題。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
lu5894樓2019-03-03 22:53:43
5樓2019-03-04 07:58:04
paramecium86
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小紅豆: 金幣+10, 回帖獎(jiǎng)勵(lì) 2019-03-10 08:00:38
小紅豆: 金幣+10, 回帖獎(jiǎng)勵(lì) 2019-03-10 08:00:38
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如果那三個(gè)部分的分子骨架整體變化不大的話 可以試試剛性掃描 也就是用scan命令。不過這時(shí)候你就得用內(nèi)坐標(biāo)來寫分子結(jié)構(gòu)而不能用Cartesian坐標(biāo)系了。如果想用gaussian自動(dòng)生成zmatrix的話 那最好是把涉及到掃描的那三個(gè)原子的序號(hào)挨在一起 要不沒法生成想要掃描的變量。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
6樓2019-03-04 08:31:28
7樓2019-03-04 10:56:25
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