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chenpan1989銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
discovery studio 關(guān)于原配體對接前后RMSD 已有2人參與
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請教下，對接后的原配體分子構(gòu)象與原配體對接前初始構(gòu)象之間RMSD值為什么要小于2呢？因?yàn)橛械脑潴w結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，RMSD會(huì)比較大的，這就意味著該蛋白文件不能用于對接了嗎？文獻(xiàn)中認(rèn)為原配體對接前后RMSD小于2，這個(gè)對接參數(shù)才會(huì)用于其他考察的小分子進(jìn)行對接？謝謝！ 另外用于對接蛋白文件PDB ID 選擇依據(jù)是啥呢？謝謝！ |
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chenpan1989
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2020-05-29 21:08:26
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chenpan1989: 金幣+5, ★★★很有幫助 2019-05-30 16:40:13
chenpan1989: 金幣+5, ★★★很有幫助 2019-05-30 16:40:13
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并非RMSD必須小于2，應(yīng)具體問題具體分析。一般認(rèn)為，RMSD < 2 表明該計(jì)算方案能夠準(zhǔn)確預(yù)測原配體的結(jié)合模式，由此認(rèn)為用它預(yù)測新配體也有相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確度。然而，更嚴(yán)格來說，這樣的外推并不總是成立的。如果新配體的結(jié)構(gòu)與原配體相似，則比較合理，否則不能下此結(jié)論。最可靠的方式還是要分析結(jié)合模式。 晶體結(jié)構(gòu)的分辨率比較大（＞2埃）時(shí)，這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)已無太大意義，但通過數(shù)值，在不看結(jié)構(gòu)的情況下，還是能大致判斷預(yù)測構(gòu)象是否正確。配體結(jié)構(gòu)復(fù)雜程度與RMSD大小無直接關(guān)系，影響RMSD的主要因素是蛋白口袋的形狀與殘基分布情況以及配體的結(jié)合方式：1）如果口袋非典型、比較特殊，比如比較淺、呈球形、無氫鍵/鹽橋等方向鍵；2）如果配體存在延伸至口袋外的柔性長鏈；3）有的蛋白口袋內(nèi)允許配體存在多種結(jié)合構(gòu)象。這些情況都會(huì)增大RMSD，然而數(shù)值并不表明一切。 總之，具體問題具體分析吧。建議關(guān)注我們公司的微信公眾號（殷賦科技），我們會(huì)陸續(xù)出一系列分子對接計(jì)算教程，教大家如何計(jì)算操作和分析結(jié)果。 |
2樓2019-03-25 11:07:32
木狼人耶
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4樓2020-05-30 00:20:48
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5樓2021-12-03 16:21:16
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