 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2333 | 回復(fù): 5 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
邊城雪新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
QE輸出的矩陣元有很多的NaN 已有1人參與
|
|
|
大家好，我用qe-6.3里的bands.x執(zhí)行文件計算matrix elements of the momentum operator p between conduction and valence bands(需設(shè)置lp=.true.)， 計算步驟是 pw.x <scf.in>scf.out pw.x <band.in>band.out bands.x <bands.in>bands.out 在第二步band.in的輸入文件中，如果我使用的K點比較密的話，比如： K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 45 0.00 1.00 0.00 45 輸出的matrix elements就會有很多的NaN(not a number)； 但如果我用較疏的k-mesh,比如 K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 15 0.00 1.00 0.00 15 輸出矩陣元素都可以正常顯示，我試了不同的服務(wù)器，結(jié)果都是如此，我也查詢了一些資料，大多認(rèn)為是數(shù)學(xué)庫對角化的問題。但我不明白為什么會和設(shè)置的k點疏密有關(guān)？大家有計算這個或者遇到此類問題的嗎？希望大家給一些建議，任何指點建議都可以，謝謝~ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085701環(huán)境工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0817化學(xué)工程319求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
伙伴們，祝我生日快樂吧
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
274求調(diào)劑0856材料化工
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
337一志愿華南理工0805材料求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
（081700）化學(xué)工程與技術(shù)-298分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
NSFC申報書里申請人簡歷中代表性論著還需要在申報書最后的附件里面再上傳一遍嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工296分求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
邊城雪
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 646
- 帖子: 50
- 在線: 25.5小時
- 蟲號: 2489228
- 注冊: 2013-05-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
5樓2019-01-27 00:35:31
漫天飄雪
版主 (知名作家)
認(rèn)真做事，踏實做人
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 362 (碩士)
- 貴賓: 0.108
- 金幣: 16857.2
- 散金: 13424
- 紅花: 392
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 5766
- 在線: 2305.9小時
- 蟲號: 914852
- 注冊: 2009-11-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 材料物理化學(xué)
- 管轄: 第一性原理
2樓2019-01-23 08:20:10
siestafonda
至尊木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 20250.2
- 散金: 5
- 紅花: 6
- 帖子: 1486
- 在線: 131.5小時
- 蟲號: 958984
- 注冊: 2010-03-01
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
3樓2019-01-24 19:36:20
邊城雪
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 646
- 帖子: 50
- 在線: 25.5小時
- 蟲號: 2489228
- 注冊: 2013-05-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
漫天飄雪: 回帖置頂 2019-01-28 15:47:55
|
哈哈，這個問題解決了，剛存夠了15個金幣，可以回帖了，所以現(xiàn)在才來說一下。。。 我用的是intel2017+impi編譯的 configure --prefix=soft/QuantumEspresso/qe-6.3 --with-scalapack=intel CC="icc" FC="ifort" F77="ifort" MPICC="mpiicc" MPIF90="mpiifort" 這樣設(shè)置的話，BLAS會自動鏈接 BLAS_LIBS=-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core 問題就出在-lmkl_sequential身上，我手動鏈接BLAS_LIBS=“-L/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core" 就可以了 不過make.inc有幾個地方也需要改動一下： 將-qopenmp添加到FFLAGS和LDFLAGS， FFLAGS="-O2 -assume byterecl -g -traceback -qopenmp" LDFLAGS="-static-intel -qopenmp" 我是看其他人的make.inc文件這樣的設(shè)置，不過他告訴我，他的也是qe自動尋找鏈接到的這些數(shù)學(xué)庫，我在好幾個超算中心測試，自動鏈接到的都是-lmkl_sequential，雖然這樣鏈接對qe大部分計算沒有問題，但是lp=.true.時計算matrix elements of the momentum operator p就會出現(xiàn)矩陣元為NaN的情況，所以我需要手動強(qiáng)行鏈接-lmkl_intel_thread 。 |
4樓2019-01-27 00:31:57
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0817化學(xué)工程319求調(diào)劑 +8 | lv945 2026-03-08 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703求調(diào)劑 +6 | jtyq001 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
[考研] 一志愿華科071000生物學(xué) 338求調(diào)劑 +4 | 九月九里 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +4 | ADT 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料工程085601調(diào)劑求老師收留 +8 | 強(qiáng)木木木 2026-03-07 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿浙江大學(xué)0856材料與化工求調(diào)劑 +3 | yansheng@211 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工材料求調(diào)劑 +5 | mysdl 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研一志愿長安大學(xué)材料與化工309分請求調(diào)劑 +6 | dtdxzxx 2026-03-06 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290 材料與化工求調(diào)劑 +7 | Nebulala 2026-03-08 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 胡達(dá)靈 2026-03-05 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 13853210211 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +12 | Faune 2026-03-06 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 081700學(xué)碩一志愿北京化工大學(xué)數(shù)二英一過六級有競賽求調(diào)劑 +5 | galaxary 2026-03-07 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 346分材料求調(diào)劑 +5 | snow_反季節(jié)版 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | 52hz~~ 2026-03-05 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +4 | 邱gl 2026-03-06 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +4 | 劉合華 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +4 | L9370 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 紡織、生物、化學(xué)、材料等專業(yè) +3 | Eember. 2026-03-05 | 7/350 |
|