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邊城雪新蟲 (初入文壇)
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[求助]
QE輸出的矩陣元有很多的NaN 已有1人參與
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大家好，我用qe-6.3里的bands.x執(zhí)行文件計算matrix elements of the momentum operator p between conduction and valence bands(需設置lp=.true.)， 計算步驟是 pw.x <scf.in>scf.out pw.x <band.in>band.out bands.x <bands.in>bands.out 在第二步band.in的輸入文件中，如果我使用的K點比較密的話，比如： K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 45 0.00 1.00 0.00 45 輸出的matrix elements就會有很多的NaN(not a number)； 但如果我用較疏的k-mesh,比如 K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 15 0.00 1.00 0.00 15 輸出矩陣元素都可以正常顯示，我試了不同的服務器，結(jié)果都是如此，我也查詢了一些資料，大多認為是數(shù)學庫對角化的問題。但我不明白為什么會和設置的k點疏密有關？大家有計算這個或者遇到此類問題的嗎？希望大家給一些建議，任何指點建議都可以，謝謝~ |
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邊城雪
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漫天飄雪: 回帖置頂 2019-01-28 15:47:55
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哈哈，這個問題解決了，剛存夠了15個金幣，可以回帖了，所以現(xiàn)在才來說一下。。。 我用的是intel2017+impi編譯的 configure --prefix=soft/QuantumEspresso/qe-6.3 --with-scalapack=intel CC="icc" FC="ifort" F77="ifort" MPICC="mpiicc" MPIF90="mpiifort" 這樣設置的話，BLAS會自動鏈接 BLAS_LIBS=-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core 問題就出在-lmkl_sequential身上，我手動鏈接BLAS_LIBS=“-L/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core" 就可以了 不過make.inc有幾個地方也需要改動一下： 將-qopenmp添加到FFLAGS和LDFLAGS， FFLAGS="-O2 -assume byterecl -g -traceback -qopenmp" LDFLAGS="-static-intel -qopenmp" 我是看其他人的make.inc文件這樣的設置，不過他告訴我，他的也是qe自動尋找鏈接到的這些數(shù)學庫，我在好幾個超算中心測試，自動鏈接到的都是-lmkl_sequential，雖然這樣鏈接對qe大部分計算沒有問題，但是lp=.true.時計算matrix elements of the momentum operator p就會出現(xiàn)矩陣元為NaN的情況，所以我需要手動強行鏈接-lmkl_intel_thread 。 |
4樓2019-01-27 00:31:57
漫天飄雪
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2樓2019-01-23 08:20:10
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3樓2019-01-24 19:36:20
邊城雪
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5樓2019-01-27 00:35:31
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