 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 854 | 回復(fù): 8 | |||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者學(xué)員pb6d6S將贈(zèng)送您 50 個(gè)金幣 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
學(xué)員pb6d6S銀蟲 (正式寫手)
|
[求助]
求助：請(qǐng)問各位大牛在做藥物結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)的時(shí)候?qū)嶋H上是怎么樣的設(shè)計(jì)思路？
|
||
|
最近入職了一家創(chuàng)新藥公司，我所在的課題組，有時(shí)候是把設(shè)計(jì)好的新化合物結(jié)構(gòu)送到搞計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的部門，讓其模擬是否和受體適配，再去決定是否合成。有時(shí)候是拍腦子試一下加個(gè)甲基或者乙基之類的基團(tuán)，合成出來(lái)試一下其生物活性。我想問問做藥物化學(xué)的同行(企業(yè)或者高校)，你們?cè)谧鏊幬锝Y(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)的時(shí)候?qū)嶋H上是怎么樣的設(shè)計(jì)思路的？剛做創(chuàng)新藥這行，比較迷惑，希望參考一下各位同行的經(jīng)驗(yàn)，能盡快入門，感謝！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085701環(huán)境工程 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
264求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
085600 材料與化工 298
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0854總分272
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
EST拒稿重投
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
歡迎采礦、地質(zhì)、巖土、計(jì)算機(jī)、人工智能等專業(yè)的同學(xué)報(bào)考
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0703化學(xué)學(xué)碩 288分
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
接收調(diào)劑
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
化學(xué) 0703求調(diào)劑 總分293 一志愿211
已經(jīng)有3人回復(fù)
zyqchem
木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
- PhEPI: 1
- 應(yīng)助: 158 (高中生)
- 金幣: 282104
- 紅花: 551
- 沙發(fā): 1958
- 帖子: 54702
- 在線: 11745.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 3786654
- 注冊(cè): 2015-04-04
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
|
三個(gè)問題，分別回答吧，有些純屬個(gè)人見解，可能有不當(dāng)之處，僅供參考。 一、chemdraw模擬的結(jié)構(gòu)，是軟件通過計(jì)算推測(cè)的分子理論上最可能存在的立體空間構(gòu)型，如果用在藥物設(shè)計(jì)方面，我理解的就是通過分子構(gòu)型大致判斷分子在靶點(diǎn)中與各個(gè)位點(diǎn)的相對(duì)位置，預(yù)測(cè)分子與靶點(diǎn)可能的對(duì)接情況。但是這種預(yù)測(cè)是比較粗糙的，因?yàn)榉肿涌赡苁艿桨悬c(diǎn)位點(diǎn)的吸引或排斥作用，從而發(fā)生構(gòu)型的改變，也就是實(shí)際構(gòu)型可能會(huì)與chemdraw預(yù)測(cè)的結(jié)果有比較大的差別，這是chemdraw無(wú)法模擬的。所以有條件的研究人員通常是用專門的模擬分子-靶點(diǎn)對(duì)接的軟件來(lái)模擬，通過定量的計(jì)算來(lái)預(yù)測(cè)分子與靶點(diǎn)的結(jié)合傾向，而不是用chemdraw。 二、化合物成藥性通常也不用chemdraw模擬，也是有專門的軟件或平臺(tái)以及計(jì)算方法的，但我本人是合成出身，不怎么熟悉這些。 三、缺少計(jì)算機(jī)輔助的話，如果是像我在5樓回復(fù)你的那樣去做me too藥，可能對(duì)計(jì)算機(jī)輔助的依賴要少些，否則的話，不缺錢則可以找外包，一些高�；蜓芯克鶓�(yīng)該能提供這方面的有償服務(wù)。 |
7樓2022-07-31 22:57:34
zyqchem
木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
- PhEPI: 1
- 應(yīng)助: 158 (高中生)
- 金幣: 282104
- 紅花: 551
- 沙發(fā): 1958
- 帖子: 54702
- 在線: 11745.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 3786654
- 注冊(cè): 2015-04-04
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
|
我們一般是先確定靶點(diǎn)晶體結(jié)構(gòu)（如果已有報(bào)道），然后對(duì)陽(yáng)性對(duì)照藥進(jìn)行骨架躍遷，再通過分子模擬對(duì)接打分，尋找數(shù)值相對(duì)較高者，再利用已有的片段數(shù)據(jù)庫(kù)并結(jié)合構(gòu)效關(guān)系及等理論進(jìn)行優(yōu)化，再分析合成可行性，有選擇地合成。我們有專門的計(jì)算化學(xué)研究人員負(fù)責(zé)這些設(shè)計(jì)工作，合成人員輔助進(jìn)行 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2022-07-31 16:33:13
zyqchem
木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
- PhEPI: 1
- 應(yīng)助: 158 (高中生)
- 金幣: 282104
- 紅花: 551
- 沙發(fā): 1958
- 帖子: 54702
- 在線: 11745.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 3786654
- 注冊(cè): 2015-04-04
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
|
另外，合成人員還要考察新設(shè)計(jì)的化合物是否有知識(shí)產(chǎn)權(quán)風(fēng)險(xiǎn)。我們是企業(yè)，目前主做me better類創(chuàng)新藥，相對(duì)于me too類的只是簡(jiǎn)單調(diào)整個(gè)別基團(tuán)的改造的設(shè)計(jì)，更容易做出自己的臨床優(yōu)勢(shì)，也符合目前國(guó)家政策的主要支持方向 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2022-07-31 16:47:50
zyqchem
木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
- PhEPI: 1
- 應(yīng)助: 158 (高中生)
- 金幣: 282104
- 紅花: 551
- 沙發(fā): 1958
- 帖子: 54702
- 在線: 11745.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 3786654
- 注冊(cè): 2015-04-04
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
|
靶點(diǎn)晶體結(jié)構(gòu)可以在網(wǎng)上的PDB數(shù)據(jù)庫(kù)查，不止一個(gè)版本。配體與靶點(diǎn)蛋白對(duì)接的晶體結(jié)構(gòu)對(duì)于分子設(shè)計(jì)非常有幫助 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2022-07-31 16:51:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
085600 英一數(shù)二272求調(diào)劑
 5+6
|
vida_a 2026-03-01 | 44/2200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)306調(diào)劑 +4 | 26要上岸 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085700資環(huán)求調(diào)劑，初始279，六級(jí)已過，英語(yǔ)能力強(qiáng) +3 | 085700資環(huán)調(diào)劑 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 人間唯你是清歡 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +5 | 柒槿levana 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，化學(xué)專業(yè)344分，求調(diào)劑 +6 | 邢xing1 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩318求調(diào)劑 +15 | February_Feb 2026-03-01 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +6 | 天下熯 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)0703求調(diào)劑 學(xué)碩 理/工科均可 總分279 +3 | 1一11 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +5 | 13853210211 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 課題組接收材料類調(diào)劑研究生 +6 | gaoxiaoniuma 2026-02-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +11 | yunziaaaaa 2026-03-01 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿東北大學(xué)材料專碩328，求調(diào)劑 +3 | shs1083 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 291 求調(diào)劑 +3 | 化工2026屆畢業(yè)?/a> 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化工專碩342，一志愿大連理工大學(xué)，求調(diào)劑 +6 | kyf化工 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)調(diào)劑 +10 | 提神豆沙包 2026-02-28 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | aaadim 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 亭亭亭01 2026-03-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 52hz~~ 2026-02-28 | 5/250 |
|