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炸魚(yú)條yy新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
RCA滾環(huán)擴(kuò)增中用到的酶的問(wèn)題 已有1人參與
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| 我看到都是用phi29這種酶來(lái)做滾還擴(kuò)增,用KF聚合酶可以做嗎,以及這兩種酶之間有什么區(qū)別?有做過(guò)的前輩可以分享一下嗎。 |
新蟲(chóng) (初入文壇)
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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除了一般的DNA聚合外,RCA最大的特點(diǎn)是需要聚合酶持續(xù)的把之前生成的雙開(kāi)“頂開(kāi)”,也就是說(shuō)需要具有strand displacement性能。根據(jù)NEB官網(wǎng)信息,KF是Moderate strand displacement activity,感覺(jué)應(yīng)該可以做RCA但是可能效率會(huì)有影響。與之相對(duì),phi29是strong strand displacement activity。 做RCA用的酶,除了strand displacement性能之外還會(huì)考慮exonuclease activity性能,是否具備這一性能對(duì)于RCA的實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)有影響。KF不具備外切酶活性(以NEB官網(wǎng)說(shuō)明為準(zhǔn),來(lái)源不同話可能性能有所不同)那么對(duì)primer的處理就需要保證其3'端是結(jié)核在circular tempalte上,通常的做法是用外切酶trim一下,這也要看你的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)咯。 此外,phi29的一個(gè)很大的問(wèn)題是其最適溫度是30°,所以反應(yīng)速度會(huì)慢一些。如果你是處于提高反應(yīng)溫度考慮而換酶的話,推薦你使用EquiPhi29,是phi29的熱穩(wěn)定版。 |
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
新蟲(chóng) (初入文壇)
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