 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1122 | 回復(fù): 3 | |||||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者@七安將贈送您 10 個金幣 | |||||
@七安新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
如何提取siesta輸出的hamiltonian和overlap
|
||||
|
在輸入文件中已設(shè)置Save HS True并且計算已輸出label.HSX文件，現(xiàn)需要查看其中計算的哈密頓量，如何才能從該文件中提取哈密頓量？ 發(fā)自小木蟲手機(jī)客戶端 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085701環(huán)境工程 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
264求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
085600 材料與化工 298
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0854總分272
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
EST拒稿重投
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
歡迎采礦、地質(zhì)、巖土、計算機(jī)、人工智能等專業(yè)的同學(xué)報考
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0703化學(xué)學(xué)碩 288分
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
接收調(diào)劑
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
化學(xué) 0703求調(diào)劑 總分293 一志愿211
已經(jīng)有3人回復(fù)
卡開發(fā)發(fā)
專家顧問 (著名寫手)
Ab Initio Amateur
-
專家經(jīng)驗: +224 - 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 金幣: 3501.8
- 散金: 14
- 紅花: 223
- 帖子: 2477
- 在線: 1254小時
- 蟲號: 1369423
- 注冊: 2011-08-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬材料的磨損與磨蝕
- 管轄: 第一性原理
|
雖然我沒具體研究和折騰過，可行的方式有如下幾種： 1、直接讀取HSX。但HSX是Fortran寫入的二進(jìn)制文件，可能需要去了解HSX讀取或者寫入邏輯。例如SIESTA程序提供的Utils當(dāng)中有hsx2hs.f90，其中有讀取HSX文件的邏輯，或者你可以參考DeepH程序，當(dāng)中preprocess/siesta_get_data.py提供了python語言處理HSX的功能。 2、對SIESTA源碼部分進(jìn)行修改，將HSX的寫入格式從unformatted改成formatted后重新編譯，這樣你能得到一份“人類可讀”的HSX，然后寫程序讀取之，只不過可能其他模塊并不兼容。 3、在SIESTA編譯時掛上NetCDF4，然后計算時使用Write.DMHS.History.NetCDF，然后HS可以按照NetCDF4進(jìn)行存儲，使用相應(yīng)語言的NetCDF4的庫并寫程序讀取之。 |
2樓2025-08-04 06:26:17
@七安
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 503
- 帖子: 113
- 在線: 28分鐘
- 蟲號: 35749436
- 注冊: 2024-11-08
- 專業(yè): 物理電子學(xué)
|
siesta編譯已具有netcdf4模塊，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中讀取哈密頓量時有些困難，即使用Python語言提取的哈密頓量也是錯誤提取 發(fā)自小木蟲手機(jī)客戶端 |
3樓2025-08-18 17:55:52
卡開發(fā)發(fā)
專家顧問 (著名寫手)
Ab Initio Amateur
-
專家經(jīng)驗: +224 - 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 金幣: 3501.8
- 散金: 14
- 紅花: 223
- 帖子: 2477
- 在線: 1254小時
- 蟲號: 1369423
- 注冊: 2011-08-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬材料的磨損與磨蝕
- 管轄: 第一性原理
4樓2025-08-20 10:15:33
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 @七安 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085701環(huán)境工程 求調(diào)劑 +3 | xiiiia 2026-03-04 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600 材料與化工 298 +8 | 小西笑嘻嘻 2026-03-03 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | 杰尼龜aaa 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +7 | 張張張張oo 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑一志愿中海洋 +3 | lour. 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 江蘇省農(nóng)科院招調(diào)劑1名 +5 | Qwertyuop 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +3 | sgbl 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085602化學(xué)工程350，調(diào)劑，有沒有211的 +5 | 利好利好. 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿東北大學(xué)化學(xué)314分求調(diào)劑 +5 | lr1212.. 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中科大能動297求調(diào)劑，本科川大 +3 | 邵11 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 計算機(jī)學(xué)碩 分?jǐn)?shù)285求調(diào)劑
+4
|
glwshine 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +5 | 13853210211 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 11408，學(xué)碩276求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工，270求調(diào)劑 +11 | YXCT 2026-03-01 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 085600求調(diào)劑 +4 | LRZZZZZZ 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中石油（華東）本科齊魯工業(yè)大學(xué) +3 | 石能偉 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 今夏不夏 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +6 | 愛擦汗的可樂冰 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料類求調(diào)劑 +11 | wana_kiko 2026-02-28 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 0856材料求調(diào)劑 +4 | 麻辣魷魚 2026-02-28 | 4/200 |
|