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ccc阿鑫新蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD生成的石墨烯pbd文件如何正確轉(zhuǎn)化為psf 已有1人參與
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在VMD中使用工具可以得到石墨烯，通過保存坐標可以輕松得到pdb文件。但是psf文件怎么得到呢？ 我試了VMD的autopsf工具，會自動閃退，沒辦法得到psf。 然后我在Tcl中，使用一下命令可以得到psf package require topotools topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals mol reanalyze 0 animate write psf name.psf 生成的psf看起來都沒有問題，但是在仿真時候會報錯，"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C." 有沒有大神知道如何得到正確的psf，十分感謝 @smutao @oxox6085 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2024-03-12 09:24:00
3樓2024-03-12 09:25:16
ccc阿鑫
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謝謝解答！ 但是這樣只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，類似DNA測序那種，我是通過保存時候，選中部分原子做的。這樣的話也可以用這個方式保存嗎 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2024-03-28 00:07:34
ccc阿鑫
新蟲 (小有名氣)
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5樓2024-03-28 00:08:47
6樓2024-04-17 16:12:28
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