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劉星雨0120新蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS中focite模塊的能量計算 已有1人參與
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請教MS中能量計算文本中valence(diag.term)與valence(cross term)的關(guān)系 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
金蟲 (正式寫手)
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沒關(guān)系,你力場用的是COMPASS,它里面勢函數(shù)包含三項,分別是化學(xué)鍵項,主要考慮鍵長,鍵角,扭轉(zhuǎn)和二面角。能量交叉項和非鍵作用項主要考慮范德華力和靜電作用。三項之和構(gòu)成總勢能。也即算出來的總能量 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
新蟲 (小有名氣)
主管區(qū)長 (職業(yè)作家)
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專家經(jīng)驗: +1059 |
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先正面回答樓主的問題,valence (diag.term)與valence (cross term)兩者肯定是有密切關(guān)系的。為了理解這個問題需要先了解COMPASS力場能量的組成: 總能量=鍵能+非鍵能 (valence energy + non-bond energy) =鍵能對角項+鍵能交叉項+非鍵能 [ valence (diag.term) +valence (cross term) + non-bond energy ] 其中,鍵能對角項,又包括以下子項目: 1 Valence energy (diag. terms):鍵能對角項 1.1 Bond:鍵長的伸縮 1.2 Angle:鍵角的彎曲 1.3 Torsion:二面角的扭轉(zhuǎn) 1.4 Inversion(也稱out-of-plane interactions):離平面的彎曲 很好想象,對于一個分子而言,其中的鍵長、鍵角、二面角任一發(fā)生了變化,那必然引起其他項的變化,比如鍵角的彎曲,同時會引起鍵長、二面角的變化,反過來也一樣。也就是說,分子中各種鍵能對角項的變化不是獨立的,而是互相影響彼此的,這種互相影響的關(guān)系,即稱之為交叉耦合(cross coupling)。由這種耦合貢獻的能量項,被稱之為鍵能交叉項(cross term,也稱off-diagonal term)。 鍵能交叉項包含的子項目如下: 2 Valence energy (cross terms) [全稱是 cross coupling terms]:鍵能中的交叉耦合項,簡稱鍵能交叉項 2.1 Stretch-Stretch:鍵長伸縮-鍵長伸縮兩者的耦合 2.2 Stretch-Bend-Stretch:鍵長伸縮-鍵角彎曲-鍵長伸縮三者的耦合 2.3 Stretch-Torsion-Stretch:鍵長伸縮-二面角扭轉(zhuǎn)-鍵長伸縮三者的耦合 2.4 Separated-Stretch-Stretch:獨立的鍵長伸縮-鍵長伸縮三者的耦合 2.5 Torsion-Stretch:二面角扭轉(zhuǎn)-鍵長伸縮兩者的耦合 2.6 Bend-Bend:鍵角彎曲-鍵角彎曲兩者的耦合 2.7 Torsion-Bend-Bend:二面角扭轉(zhuǎn)-鍵角彎曲-鍵角彎曲三者的耦合 2.8 Bend-Torsion-Bend:鍵角彎曲-二面角扭轉(zhuǎn)-鍵角彎曲三者的耦合 非鍵能包含的子項目如下: 3 Non-bond energy:非鍵能 3.1 van der Waals:范德華力能 3.2 Long range correction:范德華力能的長程修正項,適用于周期性模型,非周期性模型不含此項 3.3 Electrostatic:靜電力能 |

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