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劉星雨0120新蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS中focite模塊的能量計(jì)算 已有1人參與
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請教MS中能量計(jì)算文本中valence(diag.term)與valence(cross term)的關(guān)系 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
劉星雨0120: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2021-09-23 11:07:02
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劉星雨0120: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2021-09-23 11:07:02
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先正面回答樓主的問題，valence (diag.term)與valence (cross term)兩者肯定是有密切關(guān)系的。為了理解這個(gè)問題需要先了解COMPASS力場能量的組成： 總能量=鍵能+非鍵能 （valence energy + non-bond energy） =鍵能對角項(xiàng)+鍵能交叉項(xiàng)+非鍵能 [ valence (diag.term) +valence (cross term) + non-bond energy ] 其中，鍵能對角項(xiàng)，又包括以下子項(xiàng)目： 1 Valence energy (diag. terms)：鍵能對角項(xiàng) 1.1 Bond：鍵長的伸縮 1.2 Angle：鍵角的彎曲 1.3 Torsion：二面角的扭轉(zhuǎn) 1.4 Inversion（也稱out-of-plane interactions）：離平面的彎曲 很好想象，對于一個(gè)分子而言，其中的鍵長、鍵角、二面角任一發(fā)生了變化，那必然引起其他項(xiàng)的變化，比如鍵角的彎曲，同時(shí)會(huì)引起鍵長、二面角的變化，反過來也一樣。也就是說，分子中各種鍵能對角項(xiàng)的變化不是獨(dú)立的，而是互相影響彼此的，這種互相影響的關(guān)系，即稱之為交叉耦合（cross coupling）。由這種耦合貢獻(xiàn)的能量項(xiàng)，被稱之為鍵能交叉項(xiàng)（cross term，也稱off-diagonal term）。 鍵能交叉項(xiàng)包含的子項(xiàng)目如下： 2 Valence energy (cross terms) [全稱是 cross coupling terms]：鍵能中的交叉耦合項(xiàng)，簡稱鍵能交叉項(xiàng) 2.1 Stretch-Stretch：鍵長伸縮-鍵長伸縮兩者的耦合 2.2 Stretch-Bend-Stretch：鍵長伸縮-鍵角彎曲-鍵長伸縮三者的耦合 2.3 Stretch-Torsion-Stretch：鍵長伸縮-二面角扭轉(zhuǎn)-鍵長伸縮三者的耦合 2.4 Separated-Stretch-Stretch：獨(dú)立的鍵長伸縮-鍵長伸縮三者的耦合 2.5 Torsion-Stretch：二面角扭轉(zhuǎn)-鍵長伸縮兩者的耦合 2.6 Bend-Bend：鍵角彎曲-鍵角彎曲兩者的耦合 2.7 Torsion-Bend-Bend：二面角扭轉(zhuǎn)-鍵角彎曲-鍵角彎曲三者的耦合 2.8 Bend-Torsion-Bend：鍵角彎曲-二面角扭轉(zhuǎn)-鍵角彎曲三者的耦合 非鍵能包含的子項(xiàng)目如下： 3 Non-bond energy：非鍵能 3.1 van der Waals：范德華力能 3.2 Long range correction：范德華力能的長程修正項(xiàng)，適用于周期性模型，非周期性模型不含此項(xiàng) 3.3 Electrostatic：靜電力能 |
4樓2021-09-23 11:06:41
200204121
金蟲 (正式寫手)
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沒關(guān)系，你力場用的是COMPASS，它里面勢函數(shù)包含三項(xiàng)，分別是化學(xué)鍵項(xiàng)，主要考慮鍵長，鍵角，扭轉(zhuǎn)和二面角。能量交叉項(xiàng)和非鍵作用項(xiàng)主要考慮范德華力和靜電作用。三項(xiàng)之和構(gòu)成總勢能。也即算出來的總能量 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2021-09-22 20:48:07
劉星雨0120
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3樓2021-09-23 11:02:00
劉星雨0120
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5樓2021-09-23 11:10:35
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