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靈思生物金蟲 (正式寫手)
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[交流]
TMT、DIA、LFQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)簡介及應(yīng)用對比分析
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蛋白質(zhì)組學(xué)分析是基于LC-MS/MS的定量蛋白質(zhì)組學(xué)檢測平臺。主要優(yōu)勢在于︰多層次的鑒定和定量數(shù)據(jù)、與疾病表型和機(jī)制的直接關(guān)聯(lián)、根據(jù)基因比對獲得的豐富的功能注釋信息、結(jié)構(gòu)本質(zhì)的一致性降低檢測難度和可基于各類型樣品進(jìn)行檢測。TMT、DIA、LFQ技術(shù)簡介 1、TMT（Tandem Mass Tag，串聯(lián)質(zhì)量標(biāo)簽）標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析： （1）技術(shù)簡介 TMT/ITRAQ標(biāo)記定量利用TMT/ITRAQ標(biāo)記試劑對肽段進(jìn)行標(biāo)記，該類標(biāo)記試劑結(jié)構(gòu)，由標(biāo)記基團(tuán)，反應(yīng)基團(tuán)和平衡基團(tuán)構(gòu)成。不同的標(biāo)記試劑具有相同的分子量，但其含有的標(biāo)記基團(tuán)分子量不同，因此以不同標(biāo)記試劑標(biāo)記不同樣品后，混合肽段在進(jìn)入二級質(zhì)譜掃描前，會于碰撞室中釋放標(biāo)記基團(tuán)，并在二級譜圖中顯示出不同的標(biāo)記基團(tuán)信號。根據(jù)不同標(biāo)記基團(tuán)的信號強(qiáng)度，可以獲得樣品間同一肽段的定量信息，可進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)的定量信息。 （2）技術(shù)優(yōu)勢： A.靈敏度高：標(biāo)記肽段經(jīng)HPLC分級分離后進(jìn)行質(zhì)譜檢測，可檢測更多蛋白；B.重復(fù)性好：樣品標(biāo)記混合后進(jìn)行分級分離和質(zhì)譜檢測，減少操作和質(zhì)譜狀態(tài)帶來的差異；C.通量高：TMTpro試劑盒可同時標(biāo)記最多18例樣本；D.定量準(zhǔn)確：肽段在同一張二級質(zhì)譜圖中進(jìn)行定量，準(zhǔn)確性高；E.適用范圍廣：在肽段水平進(jìn)行標(biāo)記，適用于各種類型的生物樣本。 2、DIA（Data-independent Acquisition，數(shù)據(jù)非依賴性采集）蛋白質(zhì)組學(xué)相對定量分析 （1） 技術(shù)簡介DIA定量策略是一種非數(shù)據(jù)依賴型的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式，在目前常用的大部分質(zhì)譜定量和鑒定方法均采用的是數(shù)據(jù)依賴的數(shù)據(jù)采集方式(DDA)，會選擇一級譜圖中信號較高的離子進(jìn)行二級質(zhì)譜掃描，因而可能損失大量低豐度肽段的信息掃描，隨機(jī)性也較高。而DIA定量策略與之不同，會將一級質(zhì)譜檢測到的所有離子分段進(jìn)行二級質(zhì)譜掃描檢測，并根據(jù)二級質(zhì)譜中碎片離子的信號強(qiáng)度對其相應(yīng)的肽段乃至蛋白進(jìn)行定量 （2）技術(shù)優(yōu)勢： A.樣本數(shù)量無限制； B.制樣簡單，樣本保真度高； C.多重母子離子對定量，準(zhǔn)確度高； D.樣本蛋白全景信息電子化，數(shù)據(jù)可回溯； E.基于碎片離子（即母子離子時)定量，特異性好； F.采集所有離子即碎片譜圖，不丟失任何信息，檢測深度高且重復(fù)性好。 3、LFQ（Label Free Quantification，非標(biāo)記定量）非標(biāo)定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析 （1）技術(shù)簡介基于質(zhì)譜檢測采集的一級譜圖和二級譜圖可分析提取離子色譜圖(XIC)，(XIC)峰面積可用作反應(yīng)樣品中相對肽段乃至蛋白含量的定量信息進(jìn)行歸一化處理，即可對不同樣本中檢測到的同一肽段乃至蛋白進(jìn)行相對定量，或者在根據(jù)蛋白序列及酶解情況進(jìn)行分析后，通過計算iBAQ參數(shù)對樣品中的不同蛋白進(jìn)行粗略的絕對定量。 （2）技術(shù)優(yōu)勢 A.檢測通量高，樣本數(shù)目無限制； B.樣品制備過程簡單，保真度高； C.分析算法成熟，獨特的MBR算法減少缺失值。 |
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