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靈思生物金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
組學(xué)相關(guān)---宏基因組
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何為“宏”？宏基因組 ( Metagenome)是由 Handelsman 等在1998年提出的概念， 其定義為“the genomes of the total microbiota found in nature” ,即環(huán)境中所有微生物基因組的總和。和16S或ITS測(cè)序不同的是，宏基因組不包含對(duì)某個(gè)特定微生物種群的靶向，即不會(huì)對(duì)微生物特定種群進(jìn)行單一性測(cè)序（真菌、細(xì)菌或者病毒），而是所有微生物基因組的總和。 宏基因組學(xué)研究的對(duì)象是特定環(huán)境中的總DNA，不是某特定的微生物或其細(xì)胞中的總DNA，不需要對(duì)微生物進(jìn)行分離培養(yǎng)和純化，這對(duì)我們認(rèn)識(shí)和利用95%以上的未培養(yǎng)微生物提供了一條新的途徑。已有研究表明，利用宏基因組學(xué)對(duì)人體口腔微生物區(qū)系進(jìn)行研究，發(fā)現(xiàn)了50多種新的細(xì)菌，這些未培養(yǎng)細(xì)菌很可能與口腔疾病有關(guān)。此外，在土壤、海洋和一些極端環(huán)境中也發(fā)現(xiàn)了許多新的微生物種群和新的基因或基因簇，通過(guò)克隆和篩選，獲得了新的生理活性物質(zhì)，包括抗生素、酶以及新的藥物等。宏基因組測(cè)序是一種利用高通量測(cè)序技術(shù)完成微生物群落所有物種基因組的檢測(cè)和功能分析的測(cè)序方法。宏基因組測(cè)序技術(shù)無(wú)需進(jìn)行微生物的分離純化培養(yǎng)，就能夠快速有效地獲得整個(gè)微生物群落的基因信息，可以更加深入地對(duì)群落結(jié)構(gòu)、物種分類、系統(tǒng)進(jìn)化、基因功能及代謝網(wǎng)絡(luò)等方面進(jìn)行研究。樣品制備：樣品制備一般由兩步組成，分別為樣品收集和DNA提取，這一步驟需要極力避免污染，盡量確保使用的所有試劑的“無(wú)菌”狀態(tài)。由于二代測(cè)序的高敏感性，在DNA文庫(kù)中即便極低的DNA含量也會(huì)被擴(kuò)增并測(cè)序，一旦引入污染菌群，就會(huì)對(duì)樣品中真實(shí)的信號(hào)產(chǎn)生覆蓋。 實(shí)驗(yàn)流程：環(huán)境樣品總DNA提取→DNA片段化→連接接頭序列→文庫(kù)制備→文庫(kù)定量→上機(jī)測(cè)序 |
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