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[求助]
各位老師、同學好：
我在進行纖維素酶（cellulas...
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各位老師、同學好： 我在進行纖維素酶（cellulase）二級結構分析時，采用了圓二色譜（CD）測試，并使用 CRDATA.EXE 和 SELCON3.EXE 對光譜進行反卷積計算。但在使用過程中發(fā)現(xiàn)，這兩款軟件內(nèi)置了多組數(shù)據(jù)庫（SP29、SP22X、SP37、SP43、SP37A、SDP42、SDP48、CLSTR、SMP50、SMP56 等），這些數(shù)據(jù)庫的參考蛋白數(shù)量、波長范圍以及是否包含變性或膜蛋白等信息都有所不同。 由于纖維素酶屬于可溶性酶蛋白，（并且他的是一個復合蛋白）該怎么去確定他的殘基數(shù)呢，在不同溶劑體系（如 DES/緩沖液混合溶液）中結構可能發(fā)生變化，我目前對于 應當選擇哪個數(shù)據(jù)庫進行擬合 仍然存疑。 想向各位請教： ? ? ? ? 1.? ? ? ? 在分析纖維素酶這類可溶性酶蛋白時，通常推薦使用哪一類數(shù)據(jù)庫？ 例如 SP29 / SP37 / SP43 是否更常用？ ? ? ? ? 2.? ? ? ? 如果溶劑環(huán)境（如 DES）可能導致部分構象松散或類變性狀態(tài)，是否需要考慮 SDP42 / SDP48 或 CLSTR 等包含變性蛋白的數(shù)據(jù)庫？ ? ? ? ? 3.? ? ? ? 大家在使用 CRDATA.EXE / SELCON3.EXE 時，有沒有篩選數(shù)據(jù)庫的經(jīng)驗？ 是否以光譜波長范圍、蛋白類型（可溶 / 變性 / 膜蛋白）、數(shù)據(jù)擬合殘差等作為主要判斷依據(jù)？ ? ?? ? 4.? ? 對于纖維素酶這個復合型蛋白，我該怎么去確定它的殘基數(shù)呢？ ? ? ? ? 5.? ? ? ? 如果您有相關的參考論文或操作建議，也非常歡迎推薦。 目前正在進行的工作需要盡量準確地量化纖維素酶在不同溶劑環(huán)境下的 α-helix / β-sheet / β-turn / unordered 變化，因此數(shù)據(jù)庫選擇非常關鍵。希望能向有經(jīng)驗的老師和同學學習。 感謝各位的時間！ @是水貨 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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