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yexuqing木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
太陽系系主任
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[交流]
中國科學(xué)家開創(chuàng)雜交育種AI時代
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番茄是很多人喜愛的蔬菜,不過你可能不知道,1克“高端”番茄種子的售價是黃金價格的5倍,而且主要“貴”在雜交育種流程上。如何讓這一過程更加智能高效是全球科學(xué)家一直希望解決的難題。中國科學(xué)家日前在國際頂級期刊《細(xì)胞》上發(fā)表的一項番茄育種研究,通過全新的技術(shù)手段解決了這個難題。那么,新研究采用的技術(shù)能否大范圍推廣?這一成果對于其他作物的雜交育種又有哪些借鑒意義?我們請中國科學(xué)院西南生物多樣性中心生物學(xué)博士劉耀文來聊一聊。 “成也馴化敗也馴化”的番茄 在生物學(xué)上,不同的種屬或者品種的交配被稱為雜交,雜交種的第一代在生長、抗逆、品質(zhì)、產(chǎn)量等諸多生物學(xué)性能方面優(yōu)于親本,這種現(xiàn)象就叫作雜種優(yōu)勢。雜交番茄具有產(chǎn)量高、質(zhì)量好、早熟和抗逆性高等優(yōu)勢,比如,它的產(chǎn)量要比常規(guī)品種高出20%至30%。正因如此,目前全球商業(yè)化種植的番茄中90%都是雜交番茄品種,占據(jù)絕對的市場優(yōu)勢。2024年,番茄雜交種的市值是85.4億元,預(yù)計到2030年這個數(shù)字將增至150.5億元。 前面提到,1克“高端”番茄種子的售價遠(yuǎn)超黃金,原因是生產(chǎn)雜交番茄種子的成本實(shí)在是太高。番茄花的柱頭內(nèi)縮,為閉合花型,更適合自花授粉,想要雜交種就需要人工去除番茄花里的雄蕊,再引入外源花粉進(jìn)行雜交。可是,番茄花的直徑僅1厘米且開花時間不一致,花期又短,必須趕在花粉成熟前操作,人工雜交的勞動量有多大可想而知,一不小心還容易損傷花的其他結(jié)構(gòu),影響其后續(xù)發(fā)育。所以,雜交番茄育種的人工成本一直很高,達(dá)到了總成本的25%,其中,光是“去雄”這個環(huán)節(jié)就占據(jù)了授粉成本的40%。 為什么會出現(xiàn)這種狀況?說起來,是“成也馴化敗也馴化”。 原始的番茄花本來是柱頭外露的,方便借助昆蟲或者風(fēng)力進(jìn)行異花授粉,這樣的生存策略在野生的自然環(huán)境下優(yōu)缺點(diǎn)兼?zhèn),?yōu)點(diǎn)是通過雜交實(shí)現(xiàn)遺傳多樣性增強(qiáng),缺點(diǎn)是授粉成功率容易受到環(huán)境因素如惡劣天氣、媒介缺乏等影響導(dǎo)致產(chǎn)量不穩(wěn)定。因此,人類祖先開始馴化番茄的時候,為了讓番茄性狀一致、降低傳粉失敗的風(fēng)險,選擇了“閉花授粉”的路子,而由于隔絕了外來花粉,還可以確保子代和親本性狀一致,這種近交策略可以說是當(dāng)年農(nóng)業(yè)馴化的核心(類似于保證血統(tǒng)的純粹)。但是,這種策略也阻礙了番茄享受雜種優(yōu)勢,當(dāng)人們想要實(shí)現(xiàn)雜種優(yōu)勢時,就不得不人工“去雄”以實(shí)現(xiàn)雜交,成本隨之劇增。 現(xiàn)在,科學(xué)水平大幅提高并擁有先進(jìn)的生物技術(shù),于是科學(xué)家思考:能否解決這個問題讓番茄雜交更加智能高效呢? 基因編輯成功“定制”雜交優(yōu)種 要想讓番茄雜交更加順利,需要同時具備兩種特點(diǎn):首先是雄性不育,避免番茄自交;其次是柱頭外露,讓人工授粉更加便捷。這相當(dāng)于至少需要實(shí)現(xiàn)兩種生物性狀,難度自然不低。 一朵常見的花通常有4種結(jié)構(gòu),從外到內(nèi)依次是萼片、花瓣、雄蕊和心皮,負(fù)責(zé)這4種結(jié)構(gòu)的決定基因卻只有3類。A類基因負(fù)責(zé)萼片和花瓣的發(fā)育,B類基因控制花瓣和雄蕊的發(fā)育,C類基因控制雄蕊和心皮的發(fā)育。這就是植物遺傳發(fā)育學(xué)領(lǐng)域著名的“ABC模型”。其中,B類基因在花瓣和雄蕊的發(fā)育上起著關(guān)鍵性的作用。 中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所研究員許操團(tuán)隊決定對番茄B類基因進(jìn)行基因操作。他們選定了一個叫作GLO2的基因,該基因?qū)儆诨ㄆ鞴僬{(diào)控中的B類基因,可以調(diào)節(jié)花瓣和雄蕊的發(fā)育。通過基因編輯,出現(xiàn)了全新的番茄變異株,其雄蕊卷曲開裂且沒有交織的絨毛,無法形成雄蕊錐而不能產(chǎn)生可育花粉,實(shí)現(xiàn)了雄性不育。同時,由于雄蕊的縮短和彎曲,實(shí)現(xiàn)了柱頭外露,這就是育種家翹首以盼的“結(jié)構(gòu)型雄性不育系”。 經(jīng)過后續(xù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,這種基因編輯能夠穩(wěn)定遺傳下去,在512個番茄品種中均可以穩(wěn)定再現(xiàn),且不影響坐果率、種子質(zhì)量,至此,科學(xué)家成功開發(fā)出了柱頭外露的雄性不育番茄品系。 智能育種機(jī)器人“吉兒”在北京的一個現(xiàn)代化商業(yè)溫室中進(jìn)行番茄自動雜交授粉操作 AI賦能機(jī)器人授粉更高效 解決了雜交育種植物本身的限制后,科學(xué)家期待進(jìn)一步降低雜交育種的授粉成本。既然人工成本高,能不能用機(jī)器人代勞呢? 想用機(jī)器人操作,研究人員需攻克三重技術(shù)壁壘。首先是要精準(zhǔn)識別花朵。番茄花朵才1厘米大小,且花朵整株各個部位朝著各個方向開放,還可能被葉片、枝條和果實(shí)等遮掩。其次是要精準(zhǔn)定位柱頭來授粉,這對識別的要求更高,精度達(dá)毫米級。最后是控制好操作力度,既要實(shí)現(xiàn)授粉,又不能損傷柱頭,影響坐果。 為了解決這些問題,最新的AI科技派上了用場。許操團(tuán)隊與中國科學(xué)院自動化研究所副研究員楊明浩和研究員韓華、上海交通大學(xué)教授連文昭、清華大學(xué)教授陶建華等合作進(jìn)行AI訓(xùn)練。他們收集了12800張圖像,并在每張圖片中標(biāo)記了邊界、分割掩碼(讓圖像中的對象能夠從背景中精準(zhǔn)分離出來)和所需要授粉的方向。然后,用7680張圖像進(jìn)行深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練,通過深度學(xué)習(xí)模型處理,使AI能夠在復(fù)雜環(huán)境中精準(zhǔn)識別花朵,并定位到毫米級的柱頭。 解決了精準(zhǔn)識別花朵和柱頭的難題后,接下來就是設(shè)計機(jī)器人。機(jī)器人授粉面臨兩個挑戰(zhàn),一個挑戰(zhàn)是識別并接近花朵,這需要它能夠找到所有成熟的花朵并對不同朝向的花朵精準(zhǔn)靠近;另一個挑戰(zhàn)是要短暫地接觸柱頭完成授粉,還得控制好力度不傷害花朵。最終,研究人員設(shè)計出一個智能育種機(jī)器人“吉兒”(英文縮寫為GEAIR,意為基因編輯協(xié)同人工智能機(jī)器人)。 “吉兒”由多個部分組成:一個移動底座用于在2米間距的番茄行間巡航;一個超寬帶定位模塊讓其可在溫室里進(jìn)行高精度定位、測距和坐標(biāo)計算;一個RealSense D435i攝像頭用來進(jìn)行圖像捕捉和識別;一套授粉設(shè)備(包括一個授粉臂、授粉夾爪)精準(zhǔn)、輕柔地夾持花粉刷,與柱頭接觸來完成授粉;一個裝花粉的容器。實(shí)踐表明,智能育種機(jī)器人“吉兒”對柱頭的識別準(zhǔn)確率可達(dá)85.1%,每為一朵花授粉僅耗時15秒,效率遠(yuǎn)高于人類授粉。僅如此,“吉兒”的零部件國產(chǎn)化自主率已達(dá)95%以上,很大程度上消除了其在應(yīng)用上的限制風(fēng)險。如今,在北京昌平的實(shí)驗(yàn)基地和首農(nóng)集團(tuán)的現(xiàn)代化農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)園,“吉兒”已經(jīng)實(shí)現(xiàn)應(yīng)用。 智能育種模式將成新農(nóng)業(yè)趨勢 基因編輯、人工智能和機(jī)器人技術(shù)的結(jié)合是一種范式革新。此次,中國研究團(tuán)隊打造的“生物技術(shù)(BT)筑基+AI賦能+機(jī)器人(ROBOT)勞作”的智能育種(BAR)模式是一套完整的體系,打通了從基礎(chǔ)研究到應(yīng)用實(shí)踐的全過程。 中國研究團(tuán)隊還嘗試把針對番茄的雜交策略應(yīng)用到大豆上并獲得成功,節(jié)省了76.2%的人工授粉操作時間,首次實(shí)現(xiàn)大豆雄性不育快速生產(chǎn)制造,有望讓我國突破大豆雜交育種的瓶頸,大幅提高單產(chǎn)。同理,其他作物如土豆、茄子、辣椒等或許也可從中獲益。隨著這項技術(shù)的推廣,雜交育種迎來新的生機(jī),對于提高國家糧食、蔬菜的產(chǎn)量意義非常。 總之,智能育種(BAR)模式對于植物育種乃至農(nóng)業(yè)應(yīng)用來說都是一個巨大的突破,而受益于這項研究成果的遠(yuǎn)不止雜交番茄。未來,這種作物-機(jī)器人協(xié)同設(shè)計的“雙向奔赴”將成為新農(nóng)業(yè)的趨勢,極大改善農(nóng)業(yè)從育種到生產(chǎn)的過程,讓“民以食為天”得到更好的保障。 |

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