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Longlight鐵蟲 (初入文壇)
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[交流]
DNA打斷，選擇超聲法還是酶切法？
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超聲法 機(jī)械法片段化以非偏倚的方式控制片段大小，無GC偏好性。但在打斷過程中，DNA溶液的物理散射常常導(dǎo)致DNA樣本的丟失。因此，當(dāng)投入的DNA量為皮克級時(shí)，不建議使用機(jī)械法進(jìn)行打斷。 對于dsDNA片段化，超聲打斷堪稱一代宗師。打斷的DNA片段更為集中且無偏好性，是目前NGS建庫中片段化的金標(biāo)準(zhǔn)。 深圳達(dá)遠(yuǎn)辰光科技有限公司提供的聚焦超聲樣品處理系統(tǒng)，使用高頻聚焦超聲波將能量集中于DNA樣品，整個(gè)過程溫度可控，無樣本接觸，提供了快速、標(biāo)準(zhǔn)的DNA片段化結(jié)果。 酶法 酶切法打斷是利用片段化酶對基因組DNA進(jìn)行隨機(jī)打斷，會(huì)有GC偏好性（富含GC堿基的核酸片段區(qū)域比較不容易打斷），在后續(xù)的測序分析會(huì)產(chǎn)生更多的錯(cuò)誤信息。 缺點(diǎn)： 1 容易產(chǎn)生假陽性突變 根據(jù)研究表明，相對于機(jī)械打斷法，酶法構(gòu)建的文庫中產(chǎn)生了更多的SNV（單核苷酸位點(diǎn)變異）/indels（插入缺失）。 2 不穩(wěn)定的文庫產(chǎn)出 通過酶切時(shí)間靈活控制片段大小在 150-600 bp 之間，以適配不同的應(yīng)用場景。然而，在實(shí)際使用中，對于測序讀長模式相對固定（PE150）的靶向捕獲應(yīng)用而言卻是一種負(fù)擔(dān)。尤其是當(dāng)樣本數(shù)量不固定時(shí)，精確控制“分鐘級別”酶切時(shí)間，獲得均一的文庫產(chǎn)出并不容易實(shí)現(xiàn)。特別是對于FFPE樣本，該類樣本常伴隨不同程度的降解，很難用統(tǒng)一的酶切條件處理。 3 GC偏好性 可能存在GC 含量輕度升高的情況（片段化酶更加容易酶切AT） 在實(shí)際操作中，可以根據(jù)樣本的初始量、實(shí)驗(yàn)的特異性需求以及實(shí)驗(yàn)成本等因素來選擇片段化方法。 超聲法：全基因組測序、全外顯子測序、甲基化測序、ChIP-seq 酶切法：全基因組測序、全外顯子測序、宏基因組測序（mNGS） |
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