 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 701 | 回復(fù): 0 | |||
我太秀了銅蟲 (小有名氣)
|
[交流]
正交CRISPR篩選×單細(xì)胞測(cè)序：免疫研究雙引擎驅(qū)動(dòng)新發(fā)現(xiàn)
|
|
正交實(shí)驗(yàn)是一種多因素多水平的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方法，它可以有效減少實(shí)驗(yàn)次數(shù)，在少量實(shí)驗(yàn)中獲取足夠信息。結(jié)合CRISPR文庫全基因掃描與單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)形成協(xié)同效應(yīng)，精準(zhǔn)解碼細(xì)胞異質(zhì)性密碼，為疾病靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)提供高通量解決方案。 今天給大家分享一篇美國杜克大學(xué)Charles A. Gersbach團(tuán)隊(duì)在Nature Genetics（IF=31）上發(fā)表的文章：Transcriptional and epigenetic regulators of human CD8+ T cell function identified through orthogonal CRISPR screens，該文章開發(fā)了一種池化的表觀遺傳CRISPR篩選方法，系統(tǒng)地評(píng)估了120個(gè)轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳調(diào)節(jié)因子對(duì)人類CD8+ T細(xì)胞狀態(tài)的激活或抑制作用。 連續(xù)性T細(xì)胞療法（ACT）通過表達(dá)識(shí)別并結(jié)合腫瘤相關(guān)抗原的工程化受體將T細(xì)胞重定向至癌細(xì)胞，從而具有巨大的癌癥治療潛力。T細(xì)胞的狀態(tài)和功能在很大程度上受特異性轉(zhuǎn)錄因子（TF）和表觀遺傳修飾劑的調(diào)節(jié)，這些轉(zhuǎn)錄因子和表觀遺傳修飾劑將內(nèi)在和外在信號(hào)處理成復(fù)雜且精細(xì)調(diào)節(jié)的基因表達(dá)程序。在這篇文章中，作者開發(fā)了一種在原代人類T細(xì)胞中進(jìn)行干擾（CRISPRi）或激活（CRISPRa）篩選的方法，并將其應(yīng)用于系統(tǒng)地分析120個(gè)基因?qū)θ祟怌D8+ T細(xì)胞狀態(tài)的影響。這些篩選和隨后的表征揭示了過表達(dá)BATF3支持記憶T細(xì)胞的特定特征，對(duì)抗T細(xì)胞耗竭并改善腫瘤控制。 以下是該文章采用CRISPR文庫進(jìn)行篩選的流程介紹👇 CRISPRi/a篩選鑒定T細(xì)胞狀態(tài)調(diào)節(jié)因子 作者設(shè)計(jì)了一個(gè)靶向120個(gè)與T細(xì)胞狀態(tài)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子和表觀遺傳修飾物的gRNA文庫。CCR7是一種充分表征的T細(xì)胞標(biāo)志物，并且在特定T細(xì)胞亞群中高度表達(dá)（圖1）。為了檢測(cè)特定基因擾動(dòng)是否改變了T細(xì)胞狀態(tài)，作者使用CCR7表達(dá)作為篩選讀數(shù)。 CRISPRi/a篩選相互富集潛在靶點(diǎn) 靶向BATF和BATF3的多個(gè)gRNA在CRISPRi和CRISPRa篩選中以相互方向富集，并且BATF和BATF3是基因水平分析中最重要的命中點(diǎn)之一，這凸顯了耦合功能缺失或獲得擾動(dòng)的功效。聯(lián)合單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）分析作者的CRISPRi或CRISPRa篩選中鑒定的每個(gè)候選基因的轉(zhuǎn)錄組學(xué)效應(yīng)（圖2-3）。分析顯示BATF3的gRNA在CRISPRa中擾動(dòng)作用是最強(qiáng)的，BATF3誘導(dǎo)的基因富集在DNA和信使RNA代謝過程，核糖體生物發(fā)生和細(xì)胞周期通路，表明BATF3改善了T細(xì)胞適應(yīng)性。 靶點(diǎn)驗(yàn)證-BATF3 過表達(dá)記憶T細(xì)胞的表觀遺傳特征 BATF 3可促進(jìn)小鼠CD 8 + T細(xì)胞的存活和記憶形成�？紤]到BATF 3 ORF遞送導(dǎo)致BATF 3表達(dá)高于內(nèi)源性BATF 3激活，作者使用異位BATF 3表達(dá)進(jìn)行所有后續(xù)試驗(yàn)。在原位人HER 2+乳腺癌模型中，與對(duì)照CAR T細(xì)胞相比，共表達(dá)BATF 3的CAR T細(xì)胞顯著降低腫瘤活性（圖4）。此外，為去除其他轉(zhuǎn)錄因子的影響進(jìn)一步放大BATF3 OE的作用，作者構(gòu)建靶向敲除所有人類TF基因的gRNA文庫同時(shí)過表達(dá)BATF3/mCherry（圖5）。作者在有/無BATF3 OE的情況下對(duì)所有人轉(zhuǎn)錄因子基因進(jìn)行了合并的CRISPR-KO篩選，使用正交篩選的方式將 TF OE與TFome KO篩選相結(jié)合以剖析輔因子和下游因子，這一篩選系統(tǒng)可以作為設(shè)計(jì)下一代癌癥免疫療法的基礎(chǔ)，有望在未來為癌癥治療帶來更好的效果。 通過以上的案例分享，是否對(duì)“文庫篩選聯(lián)合單細(xì)胞測(cè)序”這種方法有了更清晰的認(rèn)識(shí)？若您希望進(jìn)一步探討，源井生物將為您提供專屬顧問服務(wù)，幫您解決難題哦~ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
264求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
085600 材料與化工 298
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0854總分272
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
EST拒稿重投
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
歡迎采礦、地質(zhì)、巖土、計(jì)算機(jī)、人工智能等專業(yè)的同學(xué)報(bào)考
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0703化學(xué)學(xué)碩 288分
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
接收調(diào)劑
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
化學(xué) 0703求調(diào)劑 總分293 一志愿211
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
304分材料專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 我太秀了 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 298求調(diào)劑一志愿中海洋 +3 | lour. 2026-03-03 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085700資環(huán)求調(diào)劑，初始279，六級(jí)已過，英語能力強(qiáng) +3 | 085700資環(huán)調(diào)劑 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +3 | sgbl 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
[考研] 085602化學(xué)工程350，調(diào)劑，有沒有211的 +5 | 利好利好. 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料類考研調(diào)劑 +6 | gemmgemm 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 【2026 碩士調(diào)劑】課題組 招收調(diào)劑生 +3 | 考研版棒棒 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 11408，學(xué)碩276求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +11 | yunziaaaaa 2026-03-01 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑。一志愿報(bào)考鄭州大學(xué)化學(xué)工藝學(xué)碩，總分295分 +8 | yl1 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +9 | 滿頭大汗的學(xué)生 2026-02-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +3 | 恒順自然 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南理工大學(xué)材料與化工326分，求調(diào)劑 +3 | wujinrui1 2026-02-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856化工專碩求調(diào)劑 +15 | 董boxing 2026-03-01 | 15/750 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 此成果不能導(dǎo)入原因：元數(shù)據(jù)必填信息不完整，可 進(jìn)行補(bǔ)充。 +4 | Kittylucky 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +6 | 愛擦汗的可樂冰 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 13853210211 2026-03-02 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 想申博！ 2026-02-26 | 6/300 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
剛錄用，沒有期刊號(hào)，但是在線可看的論文可以放為代表作嗎
 10+3
|
arang1 2026-03-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 尋找調(diào)劑
+4
|
LYidhsjabdj 2026-02-28 | 4/200 |
|
|
|
[論文投稿]
求助coordination chemistry reviews 的寫作模板
10+3
|
ljplijiapeng 2026-02-27 | 4/200 |
|