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oyljw至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
格物致知Professional
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[求助]
用Autodock tools對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行處理出錯(cuò)的解決方法求助
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想進(jìn)行分子對(duì)接，蛋白是5npk，對(duì)蛋白用pymol去掉水和其他離子及配體之后，我用autodocktools進(jìn)行加氫，打開(kāi)autodocktools-導(dǎo)入處理后的蛋白，然后edit-hydrogen-added, 再點(diǎn)grid-macromolecule-choose選擇5npk_pymol.pdb文件-selectmolecule后, autodocktools出現(xiàn)提示，請(qǐng)問(wèn)需要怎樣解決這個(gè)問(wèn)題呢？ 提示如下對(duì)話框，框里內(nèi)容為： warning! : non-integral charge on 5npk_pymol:-56.0782 (非整數(shù)電荷) correct 189 residues: (改正189個(gè)殘基) (truncated at 15..) (在15..處截?cái)嗔? lys417 0.0548 lys424 0.0315 ser425 0.2782 pro426 0.2784 glu427 0.0224 glu428 0.0085 gly441 0.0322 ser442 0.0234 thr443 0.0086 leu457 0.0312 arg458 0.023 gly459 0.0073 ala467 0.0315 arg468 0.0222 leu469 0.0086 ... charges should be corrected in written output file! (電荷應(yīng)當(dāng)在輸出文件中改正過(guò)來(lái)) 請(qǐng)問(wèn)怎樣在輸出文件里更改電荷呢？ 它還有好多省略號(hào)，省略掉是哪些原子呢? 我的輸出文件是5npk_pymol.pbdqt 請(qǐng)問(wèn)怎樣改正電荷，用什么軟件或者怎樣手動(dòng)改？ 有什么依據(jù)嗎？ 處理后的5npk_pymol.pdb文件在網(wǎng)盤(pán) 鏈接: https://pan.baidu.com/s/1VeBFyZdYp4dSqRE3i1I8vA?pwd=5npk 提取碼: 5npk |
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