 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2041 | 回復: 0 | |||
[交流]
Cellulose-Builder_tookit 分子建模（分子模擬）
|
|
一、簡介 cellulose-builder 是一個 bash 腳本，可以在任何類 unix 平臺上運行，由坎皮納斯州立大學(unicamp)斯卡夫化學研究所開發(fā)。該程序可以構建不同尺寸和幾何形狀的纖維素晶體結(jié)構，為指定纖維素結(jié)構的所有原子生成笛卡爾坐標，適合用作分子動力學模擬和其他計算中的起始結(jié)構。 從他們發(fā)布的網(wǎng)站下載需要魔法，這里提供腳本資源作為參考和學習，百度網(wǎng)盤鏈接: https://pan.baidu.com/s/1l6uzswmhfk2rgb41h9g_ew?pwd=ydem 二、軟件依賴 該程序的運行依賴于三個程序包： 1. octave 2. vmd 3. psfgen 下面以debian系統(tǒng)為例，展示cellulose-builder的配置及使用。（如果你是ubuntu，那么同樣適用，如果你是red hat系，替換一些必要命令即可） 首先移動到工作目錄，下面的所有軟件都安裝在工作目錄中，這里我的工作目錄為賬戶主目錄（/home/youraccount） 2.1 octave 是一種編程語言，用于工程、科學計算，在這里用于建模過程中的數(shù)值計算。在debian系統(tǒng)中可以使用以下命令安裝： 2.2 vmd 是一款專門用于可視化分子模擬的軟件工具，在官網(wǎng)注冊登錄即可免費下載。選擇linux平臺最新版本【version 1.9.4 latest alpha (2022-04-27) platforms:linux_64 (rhel 7+) opengl, cuda, optix rtx, ospray (linux (rhel 7+) 64-bit intel/amd x86_64 sse/avx+ with cuda 10, optix6.5 rtx, ospray)】下載即可。將安裝包“vmd-1.9.4a57.bin.linuxamd64-cuda102-optix650-ospray185.opengl.tar.gz”移動到工作目錄解壓即可： 2.3 psfgen 是一種在分子模擬和建模中廣泛使用的工具，特別是在處理蛋白質(zhì)和其他生物大分子的結(jié)構文件時。它主要用于生成和修改分子動力學模擬所需的文件，特別是psf（protein structure files，蛋白質(zhì)結(jié)構文件）和pdb（protein data bank，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫文件）文件。由于nvmd中包含了該程序，因此安裝nvmd即可。選擇linux平臺cuda版本【version 3.0 (2024-06-14) platforms:linux-x86_64-multicore-cuda (nvidia cuda acceleration)】，請使用cuda版本的namd中的psfgen，否則運行時可能無法生成.psf和.pdb文件。將安裝包“namd_3.0_linux-x86_64-multicore-cuda.tar.gz”移動到工作目錄解壓即可： 2.4 將本帖提供的“cellulose-builder_july_2013.zip”復制到工作目錄，同樣解壓縮即可： unzip cellulose-builder_july_2013.zip 2.5 最后，還需要將所有依賴軟件的可執(zhí)行文件放在path中，以便程序調(diào)用。主要是將psfgen添加到path變量中： 對于vmd和nvmd的下載注意： 1. 如果你的linux安裝了可是化桌面，直接使用瀏覽器下載安裝包即可。 2. 如果你使用的是windows平臺的wsl，使用windows的瀏覽器下載即可。 3. 如果你是純命令行的linux，首先在另一臺可登錄網(wǎng)頁的設備上注冊登錄下載，然后在下載界面右鍵復制獲取下載鏈接url，再使用wget命令即可在命令行中下載： 三、cellulose-builder命令 cellulose-builder 接受以下三種指令輸入： 3.1 第一組生成平行六面體纖維素晶體：用戶必須提供三個整數(shù)，分別代表每個晶軸上的晶胞復制重復的數(shù)量（及鏈的層數(shù)、每層鏈數(shù)、每條鏈的纖維二糖數(shù)）。前兩個整數(shù)必須大于1，而最后一個整數(shù)必須大于0。例如下面的指令將會生成一個(2*2-1)=3層纖維素平面，每個纖維素平面由4（或3）條纖維素單鏈構成，每個纖維素單鏈包含3個纖維二糖的平行六面體晶體： 3.2 第二組形成36鏈纖維素原纖維：必須提供字符串fibril作為第一個參數(shù)，同時提供一個大于0的整數(shù)作為第二個參數(shù)，代表每個纖維素鏈中纖維二糖的數(shù)量。 3.3 第三組生成單層的纖維素平面：必須輸入origin或center或monolayer作為第一個參數(shù)，然后輸入兩個大于1的整數(shù)，分別代表單層中包含的纖維素鏈的數(shù)量和每條鏈中纖維二糖的數(shù)量。其中origin的纖維二糖為i-beta構象，center為ii-beta構象，monolayer為i-alpha構象。 3.4 輸出：成功運行命令會得到一個名為crystal的文件夾，里面包含：crystal.pdb, crystal.psf, crystal.xyz, psfgen.sh, psfgen.log；其中.pdb, .psf, .xyz是相應的結(jié)構文件，另外兩個是程序運行過程中生成的。 3.5 其它自定義：cellulose-builder還支持構建多種類型的結(jié)晶纖維素，可以通過編輯輸入文件input.inp來控制。input.inp內(nèi)容如下： 1. phase 為可選的纖維素構象。 2. pbc 控制平移對稱性：即是否沿晶體學方向a、b構建具有平移對稱性的微晶，使其暴露不同的晶面。 3. pcb_c為纖維素鏈周期性共價鍵設置：pcb_c=true 表示啟用周期性，此選項將阻止在鏈末端添加 h 和 oh 原子，使纖維素鏈末端能夠與相鄰的周期圖像形成糖苷鍵。pcb_c=false 表示纖維素鏈不會周期性地與相鄰圖像共價鍵合，每條纖維素鏈都帶有一個額外的水分子（一個 h 原子在一個末端，一個 oh 基團在另一個末端）。 更多的使用展示、配置、及文件含義可以從他們的論文中獲得，doi:10.1002/jcc.22959 論文鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.22959 寫于2024年7月 |
回復此樓» 猜你喜歡
070300調(diào)劑一志愿南京大學化學專業(yè)，初試273分，有論文有專利有競賽，求調(diào)劑B區(qū)211
已經(jīng)有8人回復
-
322分 085600求調(diào)劑，有互聯(lián)網(wǎng)+國金及主持省級大創(chuàng)經(jīng)歷
已經(jīng)有4人回復
-
320材料一志愿西工大專碩英二數(shù)二 有兩年光伏工作經(jīng)驗
已經(jīng)有3人回復
-
一志愿鄭州大學，學碩，物理化學， 333求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿中石油，化學工程，301求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
0703化學求調(diào)劑，總分320分，一志愿中南民族大學
已經(jīng)有3人回復
-
320材料與化工，求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
一志愿武漢理工大學-085602-總分296分-求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
286
已經(jīng)有3人回復
-
070300化學 280 一志愿太原理工 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 Aiwt 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿鄭州大學，學碩，物理化學， 333求調(diào)劑 +5 | 李魔女斗篷 2026-03-04 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 320材料與化工，求調(diào)劑 +5 | 鶴遨予卿 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化學工程求調(diào)劑 +6 | 化工人999 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程專碩307 一志愿211 四六級已過 求調(diào)劑 +5 | ccc! 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請]
 成果系統(tǒng)訪問量大，請15分鐘后再嘗試。由此給您造成的不便，敬請諒解。
+12
|
xhuama 2026-03-02 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿中科大080500總分324求調(diào)劑 +3 | jorna 2026-03-03 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +6 | 等春來， 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0857求調(diào)劑 +4 | CDDD1013 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料328求調(diào)劑 +7 | 一個蘿卜02 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿東北大學080500，英一數(shù)二343分求調(diào)劑 +3 | Seele_v5 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西工大材料學，英一數(shù)二總分321分，求調(diào)劑。 +3 | zz05zz 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復試調(diào)劑 +4 | 杰尼龜aaa 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +8 | chenhanheng 2026-03-02 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 280分 +10 | yyqqhh 2026-03-03 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 人間唯你是清歡 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 2025屆雙非化工碩士畢業(yè)，申博 +4 | 更多的是 2026-02-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085602化學工程350，調(diào)劑，有沒有211的 +5 | 利好利好. 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +7 | BrightLL 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 清華大學 材料與化工 353分求調(diào)劑 +5 | awaystay 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南理工大學材料與化工326分，求調(diào)劑 +3 | wujinrui1 2026-02-28 | 3/150 |
|