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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者沈鋮澄將贈(zèng)送您 10 個(gè)金幣 | |||
沈鋮澄新蟲 (初入文壇)
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[求助]
charmm-gui建立塑料聚合物和DPPC磷脂雙分子層的問(wèn)題，求大佬們幫助
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| 計(jì)算模擬新人，想將微塑料（聚合度為10的聚乙烯和聚合度為10的PET塑料）和DPPC磷脂雙分子層進(jìn)行模擬。使用過(guò)程有如下一些問(wèn)題：1.使用Materials Studio構(gòu)建聚合度為10的塑料后，上傳至ATB下載全原子PDB和TOP文件，但是無(wú)法上傳至charmm-gui，會(huì)報(bào)錯(cuò)。2.也嘗試使用了charmm-gui自帶的聚合物構(gòu)建模塊，建立聚合度10的PE和PET塑料，在構(gòu)建磷脂雙分子層中報(bào)錯(cuò)，報(bào)錯(cuò)內(nèi)容如下：sdf/mol2文件與原PDB文件的配體重原子順序不匹配。請(qǐng)查看此鏈接以了解CHARMM-GUI中配體讀取的潛在問(wèn)題。 |
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