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科研戰(zhàn)神·王鐵蟲 (小有名氣)
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科研必備】做科研必須收藏的36個(gè)實(shí)用數(shù)據(jù)庫(kù)
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在生物醫(yī)學(xué)研究中，經(jīng)常會(huì)遇到查閱各種資料的情況，可能是一段基因，也可能是一段序列，為了提高工作效率，收藏一些常備的數(shù)據(jù)庫(kù)是費(fèi)用有必要，現(xiàn)把常用數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行簡(jiǎn)單梳理，希望對(duì)大家有所幫助。 No.1 miRNA-lncRNA關(guān)系預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù) 1．miRSponge數(shù)據(jù)庫(kù) https://www.bio-bigdata.com/miRSponge/ 2．RNA22網(wǎng)站 https://cm.jefferson.edu/rna22/ 3．lncACTdb數(shù)據(jù)庫(kù) https://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/ 4．RAID v2.0數(shù)據(jù)庫(kù) https://www.rna-society.org/raid/index.html 5．DIANA Tools數(shù)據(jù)庫(kù) https://carolina.imis.athena-inn ... p?r=lncbasev2/index 6．starBase數(shù)據(jù)庫(kù) https://starbase.sysu.edu.cn/index.php 7．mircode數(shù)據(jù)庫(kù) https://www.mircode.org/ 8． LNCediting數(shù)據(jù)庫(kù) https://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ 9．LncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù) https://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/ 可以預(yù)測(cè)人，小鼠 10．lncrnamap數(shù)據(jù)庫(kù) https://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/ No.2 miRNA靶基因預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù) 1. TargetScan https://www.targetscan.org/ TargetScan數(shù)據(jù)庫(kù)是大家比較常用的預(yù)測(cè)miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)，主要通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點(diǎn)來預(yù)測(cè)靶基因。該數(shù)據(jù)庫(kù)提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、負(fù)鼠、雞和青蛙等動(dòng)物信息。最新更新時(shí)間為2015年8月，版本為V7.0。 2.PITA https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html 該數(shù)據(jù)庫(kù)基于靶位點(diǎn)的可接性(target-site accessibility)和自由能預(yù)測(cè)miRNA 的靶標(biāo)，是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通過miRNA預(yù)測(cè)靶基因，也可以通過mRNA預(yù)測(cè)miRNA信息，無論是miRNA還是mRNA均可通過提供name或ID進(jìn)行分析。 3.miRBase https://www.mirbase.org/ miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)提供包括已發(fā)表的miRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測(cè)基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫(kù)，是存儲(chǔ)miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫(kù)之一。該數(shù)據(jù)庫(kù)于2014年6月更新為最新版本V21.0，包含223個(gè)物種的35828個(gè)成熟的miRNA序列。該數(shù)據(jù)庫(kù)提供便捷的網(wǎng)上查詢服務(wù)，允許用戶使用關(guān)鍵詞或序列在線搜索已知的miRNA和靶標(biāo)信息（僅包含已有的靶標(biāo)信息，所以會(huì)出現(xiàn)部分miRNA靶標(biāo)信息無的現(xiàn)象）。該數(shù)據(jù)庫(kù)用于miRNA信息查詢較多，靶關(guān)系預(yù)測(cè)較少。 4.microRA.org https://www.microrna.org/ 該數(shù)據(jù)庫(kù)提供了關(guān)于人類、小鼠、大鼠、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標(biāo)的預(yù)測(cè)信息以及miRNA在不同組織的表達(dá)譜，支持通過miRNA預(yù)測(cè)靶基因，也支持通過mRNA分析相關(guān)的miRNA。最新更新時(shí)間為2010年，好久不更新了。 5.miRTarBase https://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ 該數(shù)據(jù)庫(kù)主要收集的是被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRNA靶標(biāo)，同時(shí)提供支持搜索結(jié)果的文獻(xiàn)或方法，最新更新于2015年9月。該數(shù)據(jù)庫(kù)支持瀏覽、搜索和數(shù)據(jù)下載。 6.starBase V2.0 https://starbase.sysu.edu.cn/ 該數(shù)據(jù)庫(kù)采集了6000多份樣本，14種癌癥來自于37個(gè)獨(dú)立研究的108份CLIP-seq數(shù)據(jù)，同時(shí)輔助降解組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)搜尋miRNA的靶標(biāo)，提供了各式各樣的可視化界面去探討miRNA靶標(biāo)。除了miRNA和靶標(biāo)mRNA之間關(guān)系，該數(shù)據(jù)庫(kù)還進(jìn)行l(wèi)ncRNA、circRNA、protein與mRNA之間的相互作用分析，并分析了ceRNA機(jī)制。該數(shù)據(jù)庫(kù)主要包含人、小鼠、線蟲3個(gè)物種信息。 No.3 miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) 1.EVmiRNA https://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA 提供三個(gè)功能模塊：（i）miRNA表達(dá)譜和來自不同來源（例如血液、母乳等）的EV的樣品信息；（ii）不同EV中特異性表達(dá)的miRNA，有助于生物標(biāo)志物鑒定；（iii）miRNA注釋，包括EV和TCGA癌癥類型中的miRNA表達(dá)，miRNA通路調(diào)節(jié)以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用戶友好的Web界面，具有強(qiáng)大的瀏覽和搜索功能，以及數(shù)據(jù)下載。它是第一個(gè)專注于EV中miRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)庫(kù)，可用于EV生物標(biāo)志物、miRNA功能和液體活檢的研究和應(yīng)用領(lǐng)域。 2.miR2Disease https://www.mir2disease.org/ 一個(gè)手工打造的數(shù)據(jù)庫(kù),旨在提供一個(gè)全面的microRNA對(duì)應(yīng)各種人類疾病的資源。其中的每個(gè)條目包含miRNA-disease關(guān)系的詳細(xì)信息,包括microRNA的ID、疾病名稱、miRNA-disease關(guān)系的簡(jiǎn)要描述、microRNA在不同疾病狀態(tài)的表達(dá)模式、microRNA的表達(dá)檢測(cè)方法、通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證microRNA的目標(biāo)基因和參考文獻(xiàn)。 3.mirWalk https://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ 查找通路中的miRNA以及其靶基因，并且能夠查詢疾病相關(guān)miRNA。 4.HMDD https://www.cuilab.cn/hmdd 提供與疾病相關(guān)的miRNA以及其靶基因，在通路分析的時(shí)候解列mirWalk非常有用。 5、DIANA https://diana.imis.athena-innova ... p;amp;view=software 這是非常綜合的關(guān)于miRNA分析的工具廠。 6、CoGeMiR https://cogemir.tigem.it/ 數(shù)據(jù)庫(kù)總結(jié)關(guān)于在進(jìn)化過程中MicroRNA 在不同動(dòng)物中的保守性。該數(shù)據(jù)庫(kù)搜集已知的和預(yù)測(cè)的microRNA關(guān)于染色體定位、保守性和表達(dá)譜方面的信息。 No.4 rRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) 1.silva https://www.arb-silva.de/ 是一個(gè)涵蓋細(xì)菌、古菌、真核的rRNA基因序列的綜合數(shù)據(jù)庫(kù) 2.PR2 https://www.researchgate.net/pro ... erence-database-PR2 PR2（ProtistRibosomal Reference database）數(shù)據(jù)庫(kù)是專門針對(duì)真核微生物小亞基SSU rRNA（即18SrRNA）基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)主要由核編碼的原生生物序列構(gòu)成，但為方便分析18S的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫(kù)也包含了后生生物、陸地植物、大型真菌和真核細(xì)胞器（線粒體、質(zhì)體等）的SSU序列。內(nèi)含子和嵌合體序列已被去除。現(xiàn)PR2主頁因技術(shù)故障無法登陸，但是數(shù)據(jù)庫(kù)一直在更新，最新數(shù)據(jù)可在https://figshare.com/articles/PR2_rRNA_gene_database/3803709下載。 3.RDP https://rdp.cme.msu.edu/index.jsp) RDP數(shù)據(jù)庫(kù)全稱“RibosomalDatabase Project”，該數(shù)據(jù)庫(kù)提供質(zhì)控、比對(duì)、注釋的細(xì)菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。RDP是目前較常用的rRNA基因高通量測(cè)序后作為比對(duì)、注釋的參考數(shù)據(jù)庫(kù)。此外，還可用于平時(shí)菌種鑒定時(shí)，對(duì)少量rRNA基因測(cè)序后的物種進(jìn)行分類鑒定，此時(shí)主要用其Classifier功能（https://rdp.cme.msu.edu/classifier /classifier.jsp），可非常方便地確定某條rRNA基因序列從門到屬/種水平的分類信息并給出各水平相應(yīng)的置信度。 4.Greengenes https://greengenes.lbl.gov/） Greengenes是專門針對(duì)細(xì)菌、古菌16S rRNA基因的數(shù)據(jù)庫(kù)，相比前面提到的RDP和SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)更新速度較慢，目前更新停留在2013年5月更新的gg_13_5版本（可在該網(wǎng)址下載：https://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5），目前較常用于16S rRNA基因高通量測(cè)序后進(jìn)行嵌合體去除的參比數(shù)據(jù)庫(kù)。目前，比較火的一個(gè)分析——PICRUST，即根據(jù)16S rRNA高通量測(cè)序結(jié)果預(yù)測(cè)微生物群落功能的分析，也是基于gg_13_5數(shù)據(jù)庫(kù)開發(fā)的，因此，想做PICRUST分析也必須依托Greengenes的gg_13_5數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)。 5.EzBioCloud https://www.ezbiocloud.net/dashboard EzBioCloud是與Greengenes數(shù)據(jù)庫(kù)類似，也是專門針對(duì)細(xì)菌、古菌16SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫(kù)，但其特點(diǎn)是以可培養(yǎng)的細(xì)菌、古菌16S rRNA基因序列為主。該數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)與2016年10月1日進(jìn)行了網(wǎng)站更新，其中最常用的功能是通過與該數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，確定某16S rRNA基因序列對(duì)應(yīng)物種在數(shù)據(jù)庫(kù)中的近緣可培養(yǎng)/模式種，此時(shí)用到的是數(shù)據(jù)庫(kù)的Identify功能（https://www.ezbiocloud.net/identify），網(wǎng)站要求應(yīng)用該功能時(shí)需要先通過郵箱注冊(cè)后方可使用。相比上面提到的RDP、SILVA和Greengenes來說，該數(shù)據(jù)庫(kù)較少用于16S高通量測(cè)序后的參比數(shù)據(jù)庫(kù)。 6.PhytoREF https://phytoref.sb-roscoff.fr/ PhytoREF數(shù)據(jù)庫(kù)是專門針對(duì)質(zhì)體（plastid）中16SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。所有陸地、淡水、海洋中的含質(zhì)體生物16S rRNA基因序列都囊括在該數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)，包括陸地植物、海洋和淡水大型和微型藻類等的質(zhì)體。 7.PFR² https://pfr2.sb-roscoff.fr/） 浮游有孔蟲界（planktonic Foraminifera /Rhizaria）是一類在海洋中廣泛存在的浮游原生生物，其在海洋碳循環(huán)中起重要作用，且其化石可用以生物年代地層和古氣候重建。PFR2是專門針對(duì)浮游有孔蟲界18SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。目前更新版本為1.0，于2015年1月20日釋放，包含3322條高質(zhì)量的浮游有孔蟲界18S rRNA基因序列。 No.5 siRNA數(shù)據(jù)庫(kù)及設(shè)計(jì)工具 1.siRNA Database Searchable database of Silencer ™ Validated and Pre-designed siRNAs to >34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database have been designed for maximum potency and specificity using a well-tested, proprietary algorithm . And silencing results are guaranteed. 2.siRNA Target Finder Find siRNA target sites in your mRNA of interest using the published recommendations of Tuschl and colleagues for siRNA design. Once identified, siRNA targets can be sent directly to one of the kit-specific design tools described below or subjected to a BLAST search by clicking on the appropriate link below the target of interest. 3.Silencer ™ siRNA Construction Kit Template Design Tool Once the target sequence of your siRNA has been chosen, use this tool to determine the sequences of the sense and antisense siRNA oligonucleotide templates. The program adds "CCTGTCTC" (complementary to the T7 Promoter Primer supplied in the kit) to the 3' end of each oligonucleotide. 4.pSilencer ™ Expression Vectors Insert Design Tool This tool generates hairpin siRNA-encoding DNA oligonucleotide inserts from an input siRNA target sequence. The program will add the loop sequence and overhangs for cloning as outlined in the vectors' Instruction Manuals. 5.Silencer ™ Express siRNA Expression Cassette Kits PCR Primer Design Tool This tool generates template DNA oligonucleotide sequences from an input siRNA target sequence. Designs for both the "two-oligonucleotide" and "single-oligonucleotide" approach are displayed. These designs are generated using the loop, terminator and RNA polymerase promoter sequences described in the kits' Instruction Manual. 6、Protein lounge https://www.proteinlounge.com/ Protein Lounge包括10個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和7個(gè)生物學(xué)工具以及1個(gè)個(gè)性化的工具。其中siRNA數(shù)據(jù)庫(kù)：該數(shù)據(jù)庫(kù)包括了眾多生物種屬中所有已知mRNA序列的siRNA靶位，并按照siRNA干擾對(duì)象（激酶、磷酸酯酶、轉(zhuǎn)錄因子和疾病相關(guān)基因）來組織數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)中所有siRNA靶位均可以與Protein Lounge的siRNA在線設(shè)計(jì)工具鏈接。 7、在線設(shè)計(jì)siRNA軟件 siDirect、DSIR、Sigma、invivogen、RNAi Codex END |
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