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中科院生物物理所方顯楊研究組招收2025普博研究生
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中國科學(xué)院生物物理研究所RNA整合結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究組2025年計劃招收普博研究生1名。研究所2025年普博招生報名尚未開始，相關(guān)要求可參考2024年招生簡章： https://ibp.cas.cn/2020jyc/zs/bszs/202310/t20231018_6895092.html 歡迎對我們課題組感興趣的應(yīng)屆或具有同等學(xué)力碩士研究生聯(lián)系我們：fxy_ncrna@163.com, 郵件主題請注明：“姓名_普博生申請”。 招生要求 （1）具有生物學(xué)、化學(xué)、藥學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、物理學(xué)、計算科學(xué)相關(guān)專業(yè)碩士研究生同等學(xué)力； （2）具有生物大分子結(jié)構(gòu)預(yù)測與計算模擬、結(jié)構(gòu)生物學(xué)(X-ray，NMR或SAXS)、單分子生物物理或化學(xué)生物學(xué)研究經(jīng)驗者優(yōu)先； 導(dǎo)師簡介 方顯楊：中國科學(xué)院生物物理研究所研究員，課題組長，博士生導(dǎo)師。2002年本科畢業(yè)于武漢大學(xué)化學(xué)學(xué)院，2009年獲中國科學(xué)院生物物理研究所博士學(xué)位，2009-2015年于美國國立衛(wèi)生研究院國立癌癥研究所從事博士后研究工作，2015年起歷任清華大學(xué)生命學(xué)院助理教授、副教授，2023年8月起任中科院生物物理所研究員，課題組長，博士生導(dǎo)師。其課題組主要開展RNA整合結(jié)構(gòu)生物學(xué)的研究，應(yīng)用多種方法包括小角X射線/中子散射、核磁共振/電子順磁共振、X射線晶體學(xué)、單分子熒光共振能量轉(zhuǎn)移、結(jié)構(gòu)預(yù)測和計算模擬開展與人類疾病和重大生命過程密切相關(guān)的非編碼RNA及其蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)與功能研究。曾入選國家海外青年高層次人才計劃，受基金委重點支持項目(聯(lián)合基金、專項項目)、科技部重點研發(fā)計劃項目等資助，近年來以通訊作者或第一作者在Cell, Nat. Commun.（2020,2021,2023a,2023b,2024）, EMBO J., PNAS, Chem. Sci., EMBO Reports, JBC, Curr. Opin. Struct. Biol. 等學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表SCI論文40余篇。 研究組方向 本課題組聚焦于RNA的整合結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。RNA在生命體發(fā)揮多種重要的生理功能，其突變或代謝失衡往往引起多種疾病�；赗NA或靶向RNA的療法方興未艾。深入研究RNA的結(jié)構(gòu)和構(gòu)象動態(tài)，對于揭示RNA功能的分子機制，以及發(fā)展RNA療法具有重要意義。 我們研究組一方面致力于發(fā)展RNA高級結(jié)構(gòu)解析整合技術(shù)，并據(jù)此開展與人類疾病或重大生命過程密切相關(guān)的RNA的高級結(jié)構(gòu)、構(gòu)象動態(tài)、相互作用與功能關(guān)系的研究，另一方面致力于基于結(jié)構(gòu)的理性靶向RNA與基于RNA的新療法的開發(fā)。課題組目前的主要研究方向為： 1. RNA結(jié)構(gòu)解析整合技術(shù)的開發(fā)。 2. RNA高級結(jié)構(gòu)與功能研究。我們將應(yīng)用傳統(tǒng)研究方法(X射線晶體學(xué)、冷凍電鏡和NMR)解析100核苷酸以下RNA的高分辨率結(jié)構(gòu)，應(yīng)用我們開發(fā)的整合技術(shù)解析100-1000核苷酸RNA的整合結(jié)構(gòu)。 3. RNA構(gòu)象動態(tài)與功能研究。在結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，將結(jié)合單分子技術(shù)(包括單分子熒光共振能量轉(zhuǎn)移、單分子納米孔技術(shù)等)與系綜技術(shù)(包括小角射線、電子順磁共振、X射線散射干涉等)開展RNA構(gòu)象動態(tài)與功能關(guān)系研究。 4. 靶向RNA與基于RNA的新療法開發(fā)�；诮Y(jié)構(gòu)-動態(tài)-功能關(guān)系，將發(fā)展基于RNA和靶向RNA的新療法。 代表論著 1. Yufan Zhang#, Zhonghe Xu#, Yu Xiao#, Haodong Jiang#, Xiaobing Zuo, Xing Li*, Xianyang Fang*. Structural mechanisms for binding and activation of a contact-quenched fluorophore by RhoBAST. Nature Communications 2024, In press. 2. Xiaolin Niu, Zhonghe Xu, Yufan Zhang, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Structural and dynamic mechanisms for coupled folding and tRNA recognition of a translational T-box riboswitch. Nature Communications 2023, 14(1):7394. 3. Jie Deng, Xianyang Fang*, Lin Huang*, Shanshan Li, Lilei Xu, Keqiong Ye*, Jinsong Zhang, Kaiming Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*. RNA structure determination: From 2D to 3D. Fundamental Research 2023, 3 (5): 727-737 4. Keyun Huang, Xianyang Fang*. A review on recent advances in methods for site-directed spin labeling of long RNAs. International Journal of Biological Macromolecules 2023, 239:124244. 5. Xiang Chen#, Yan Wang#, Zhonghe Xu#, Meng-Li Cheng, Qing-Qing Ma, Rui-Ting Li, Zheng-Jian Wang, Hui Zhao, Xiaobing Zuo, Xiao-Feng Li, Xianyang Fang*, Cheng-Feng Qin*. Zika virus RNA structure controls its unique neurotropism by bipartite binding to Musashi-1. Nature Communications 2023, 14(1): 1134 6. Lilei Xu#, Yu Xiao#, Jie Zhang, Xianyang Fang*. Structural insights into translation regulation by THF-II riboswitch. Nucleic Acids Research 2023, 51(2):952-965. 7. Xianyang Fang*, Jose Gallego*, Yun-Xing Wang*. Deriving RNA topological structure from SAXS. Methods in Enzymology 2022 (In press) 8. Jie Zhang, Binxian Chen, Xianyang Fang*. 3D structural analysis of long non-coding RNAs by SAXS and computational modeling. Methods in Molecular Biology 2023, 2568:147-163 (Springer Protocol Book Series). 9. Yanping Hu#, Yan Wang#, Jaideep Singh#，Ruirui Sun#, Lilei Xu, Xiaolin Niu, Keyun Huang, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen, Peter Z. Qin, Xianyang Fang*. Phosphorothioate-based posttranscriptional site-specific labeling of large RNAs for structural and dynamic studies. ACS Chemical Biology 2022, 17(9):2448-2460 10. Bingbing Xu#, Changchang Cao#, Hao Chen#, Qiongli Jin#, Guangnan Li#, Junfeng Ma#, Jieyu Zhao#, Jianghui Zhu#, Yiliang Ding*, Xianyang Fang*, Yongfeng Jin*, Chun Kit Kwok*, Aiming Ren*, Yue Wan*, Zhiye Wang*, Yuanchao Xue*, Huakun Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*, Yu Zhou. Recent advances in RNA structurome. Science China Life Sciences 2022，65(7):1285-1324 11. Burkhard Endeward#, Yanping Hu#, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Thomas F. Prisner*, Xianyang Fang*. Long-range distance determination in fully deuterated RNA with pulsed EPR spectroscopy. Biophysical Journal 2022，121(1):37-43. 12. Xiaolin Niu#, Ruirui Sun#, Zhifeng Chen, Yirong Yao, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Pseudoknot length modulates the folding, conformational dynamics and robustness of Xrn1 resistance of flaviviral xrRNAs. Nature Communications 2021, 12(1): 6417 13. Junfeng Ma, Xiang Cheng, Zhonghe Xu, Yikan Zhang, Jaione Valle, Shilong Fan, Xiaobing Zuo, Iñigo Lasa, Xianyang Fang*. Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch. The EMBO Journal 2021, 40(14): e107500. (Research Highlight on Nature Chemical Biology 2021, 17: 839) 14. Xiaolin Niu#, Qiuhan Liu#, Zhonghe Xu#, Zhifeng Chen, Linghui Xu, Lilei Xu, Jinghong Li*, Xianyang Fang*. Molecular mechanisms underlying the mechanical anisotropy of flaviviral exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs). Nature Communications 2020, 11(1): 5496. (News and Views on Nature Chemical Biology 2021, 17: 933-934) 15. Yan Wang, Venkatesan Kathiresan, Yaoyi Chen, Yanping Hu, Wei Jiang, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Peter Z. Qin*, Xianyang Fang*. Posttranscriptional site-directed spin labeling of large RNAs with an unnatural base pair system under non-denaturing conditions. Chemical Science 2020, 11: 9655-9664. 16. Yan Wang, Yaoyi Chen, Yanping Hu, Xianyang Fang*. Site-specific covalent labeling of large RNAs with nanoparticles empowered by expanded genetic alphabet transcription. Proceedings of the National Academy of Sciences 2020, 117(37): 22823-22832. 17. Yinlong Song, Yikan Zhang, Ying Pan, Jianfeng He, Yan Wang, Wei Chen, Jing Guo, Haiteng Deng, Yi Xue*, Xianyang Fang*, Xin Liang*. The dimeric organization that enhances the microtubule end-binding affinity of EB1 is susceptible to phosphorylation. Journal of Cell Science 2020, 133(9): jcs241216. 18. Yupeng Zhang#, Yikan Zhang#, Zhong-Yu Liu#，Meng-Li Cheng#, Junfeng Ma, Yan Wang, Cheng-Feng Qin*, Xianyang Fang*. Long non-coding subgenomic flavivirus RNAs have extended 3D structures and are flexible in solution. EMBO Reports 2019, 20(11): e47016. 19. Yanxiang Zhao, Yikan Zhang, Jinguang Huang, Shanshan Wang, Long Yi, Xin Zhang, Min Xu, Xianyang Fang*, Junfeng Liu*. 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