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【gromacs】如何計算膠束質(zhì)心和另外一個分子的RDF
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我有一個膠束（由40個分子A組成），還有一個藥物分子B，請問如何計算膠束質(zhì)心和藥物分子質(zhì)心之間的RDF？ gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -ref “com of group A” -sel “com of group B” -bin 0.03（這個命令得到的rdf和實際情況 不符合） 其中trajout.xtc 采用的下面的命令，已經(jīng)讓膠束和藥物分子居中盒子了。 gmx trjconv -f md1.xtc -pbc cluster -center -s md1.tpr -n index.ndx 謝謝大家！ |
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