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luqing6879木蟲 (著名寫手)
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[求助]
gromas tip4p 水模型計(jì)算報(bào)錯(cuò)
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大家好 我正在學(xué)習(xí)gromacs，嘗試用tip4p跑216個(gè)水分子的動(dòng)力學(xué)計(jì)算 我用軟件自帶的tip4p.gro作用輸入文件，然后運(yùn)行 gmx pdb2gmx -f tip4p.gro 之后在交互界面中選擇15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top 之后運(yùn)行 gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest 報(bào)錯(cuò)說 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080) does not match topology (topol.top,864) 我想這應(yīng)該是我沒有正確指定tip4p中的虛原子。請(qǐng)問應(yīng)該怎么修改相關(guān)文件呢？ 謝謝大家。 |
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2樓2024-01-17 15:22:08
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說錯(cuò)了，你應(yīng)該用Tip4p的itp 而不是，用那個(gè)命令 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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luqing68793樓2024-01-17 16:42:28
luqing6879
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4樓2024-01-18 09:04:58
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