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28968058wj新蟲 (小有名氣)
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染色質(zhì)免疫共沉淀測序（ChIP seq） 已有1人參與
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染色質(zhì)免疫共沉淀測序（ChIP seq） 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具和標(biāo)準(zhǔn)方法,主要應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點、組蛋白修飾、基因組甲基化以及核小體定位等研究。ChIP與下一代高通量測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-seq技術(shù)具有成本低、效率高、檢測的靈敏度和覆蓋度高等優(yōu)勢,已經(jīng)成為這一領(lǐng)域的首選技術(shù)。 它的基本原理如圖所示:在生理狀態(tài)下,把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)(Crosslink)后裂解細(xì)胞,分離染色體,通過超聲或酶處理將染色質(zhì)隨機切割,利用抗原抗體的特異性識別反應(yīng),將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來,再通過反交聯(lián)(Reverse crosslink)釋放結(jié)合蛋白的DNA片段,最后對目的DNA片斷進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建,再通過高通量測序的方法獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。 • ChIP富集DNA • DNA質(zhì)量檢測:Qubit 3.0檢測DNA樣品濃度,Agilent 2100 Bioanalyzer檢測DNA樣品分布范圍。 • DNA片段化(可選):采用超聲波大段的方法將DNA片段化(根據(jù)客戶需求)。 • 末端修復(fù),加A,接頭連接:在DNA分子兩端引入接頭序列及index序列。 • PCR富集  CR擴(kuò)增富集文庫片段。• 文庫質(zhì)檢:Agilent 2100 Bioanalyzer檢測文庫大小分布,Qubit 3.0或熒光定量PCR測定文庫濃度。 • 上機測序:根據(jù)數(shù)據(jù)量要求將文庫pooling上機測序。 • 數(shù)據(jù)分析:下機數(shù)據(jù)由專業(yè)生物信息分析團(tuán)隊進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,提供全面數(shù)據(jù)分析報告。 樣品要求 • 樣品類型:ChIP富集的DNA。 • 樣品量:ChIP DNA樣品 ≥ 20 ng。 • 樣品保存  NA樣品:可將DNA溶于Nuclease Free 超純水中,-20℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。• 樣品運輸:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷凍運輸。 測序方案 測序模式 SE50 測序數(shù)據(jù)量 10M clean reads 生物信息分析內(nèi)容 1 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查; 2 比對結(jié)果質(zhì)控檢查; 3 測序reads全基因組分布圖; 4 結(jié)合峰鑒定; 5 結(jié)合峰基因元件分布; 6 差異結(jié)合峰檢測; 7 差異結(jié)合峰相關(guān)基因GO功能富集分析; 8 差異結(jié)合峰相關(guān)基因KEGG生物通路富集分析; |
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Lynn224
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2樓2024-11-21 17:15:05
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