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A寶祿計算銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
分子動力學(xué)計算
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要運行基本的分子動力學(xué)計算，請執(zhí)行以下步驟： 選擇包含足夠大的超級電池的POSCAR 。 如果執(zhí)行連續(xù)運行，則將CONTCAR復(fù)制到POSCAR或可能在POSCAR文件中提供初始速度。它們是在 Wycoff 立場之后的一個單獨段落中寫成的。如果沒有提供初始速度，則在計算開始時假定為隨機速度。這完全沒問題，但用戶應(yīng)該知道，由于初始隨機速度，從不同計算獲得的軌跡很難比較。 設(shè)置主要INCAR標簽： oIBRION =0：通過將IBRION標簽設(shè)置為 0啟用分子動力學(xué)計算。 oPOTIM：此標簽設(shè)置 fs 中分子動力學(xué)運行的時間步長。 oNSW：此標簽設(shè)置分子動力學(xué)運行中執(zhí)行的步驟數(shù)。 oTEBEG：如果使用恒溫器，請定義分子動力學(xué)計算應(yīng)運行的所需溫度。 oISIF（可選）。 oMDALGO：此標簽決定使用哪個恒溫器執(zhí)行分子動力學(xué)計算。對于常規(guī)分子動力學(xué)計算，恒溫器由一位數(shù)字選擇（例如，1 代表 Andersen，2 代表 Nose-Hoover 等）。對于偏置分子動力學(xué)、元動力學(xué)等，恒溫器的選擇方式與 VASP 6 或更高版本相同。在 VASP 5.x 中，它由兩位數(shù)字選擇，其中第一個數(shù)字對應(yīng)于類似于常規(guī)分子動力學(xué)的恒溫器，第二個數(shù)字對應(yīng)于分子動力學(xué)類型（例如，Andersen 恒溫器的 11 元動力學(xué)，Nose-Hoover 的 21 元動力學(xué)溫控器等）。NVE系綜是一個特例。通過選擇 Andersen 恒溫器并設(shè)置不與熱浴發(fā)生碰撞（ANDERSEN_PROB =0）。 oISIF：在分子動力學(xué)計算中，此標簽用于選擇NVT 系綜或NpT 系綜（NVE 系綜是一個特例�。τ贗SIF =2，體積保持不變并使用NVT 系綜。使用此標簽可以計算應(yīng)力張量，因此可以監(jiān)控壓力。對于ISIF =3，應(yīng)力張量（壓力）保持恒定并使用NpT 系綜。使用此標簽可以計算體積并對其進行監(jiān)控。 決定使用 哪個集成： oNVT 合奏：設(shè)置ISIF = 2。 oNpT 系綜：設(shè)置ISIF =3。 oNVE 集成：設(shè)置MDALGO =1 和ANDERSEN_PROB =0.0。 決定使用哪個恒溫器（恒溫器和整體的組合在表中給出）： oAndersen 恒溫器：設(shè)置MDALGO =1。還設(shè)置ANDERSEN_PROB >0.0 以控制恒溫器的隨機更新頻率。 oNose-Hoover 恒溫器：設(shè)置MDALGO =2。還設(shè)置SMASS >0.0 以控制與熱浴的耦合。 oLangevin 恒溫器：設(shè)置MDALGO =3。同時設(shè)置LANGEVIN_GAMMA >0.0 來控制摩擦參數(shù)。如果使用NpT 系綜（通過設(shè)置ISIF =3），還必須提供晶格LANGEVIN_GAMMA_L的摩擦系數(shù)。 以下恒溫器和恒壓器的組合是可能的： Thermostat Ensemble Andersen Nose-Hoover Langevin Multiple Andersen NVE MDALGO =1, ANDERSEN_PROB =0.0 NVT MDALGO =1 MDALGO =2 MDALGO =3 MDALGO =13 ISIF =2 ISIF =2 ISIF =2 ISIF =2 NpT not available not available MDALGO =3 not available ISIF =3 NpH MDALGO =3，ISIF =3，LANGEVIN_GAMMA_L =0.0 匯編 要運行分子動力學(xué)計算，必須使用makefile.include 文件中的-Dtbdyn預(yù)編譯器標志編譯 VASP。使用此標簽的示例輸入如下所示： CPP = $(CPP_) -DHOST=\"IFC9_fftw\" \ -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -Dtbdyn |
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