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科研小生k新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
藥物人自學(xué)Rosetta困難多怎么辦？？
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rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用 一. 從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計(jì) 目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。 1 蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介 1.1 主鏈二面角與二級(jí)結(jié)構(gòu) 1.2 側(cè)鏈堆積與三級(jí)結(jié)構(gòu) 2 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)介 2.1 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的分類(lèi)及應(yīng)用 am10:00~10:50 二. rosetta基礎(chǔ) 三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、linux和python基礎(chǔ)教學(xué) 目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。 3 pose/mover/scorefunction 4 linux 入門(mén)命令 4.1 用戶屬組及權(quán)限 目錄文件屬性 4.2 linux基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量 4.3 shell常用命令練習(xí) 4.4 conda介紹 四．結(jié)構(gòu)擾動(dòng)與結(jié)構(gòu)優(yōu)化 五．序列設(shè)計(jì)packrotamer和fastdesign 目標(biāo)：了解rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和rosettascript編寫(xiě)應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。 5 minmover, mc mover, fastrelax mover 5.1 movemap 6 rosettascript組成和要素 6.1 filter residueselector taskoperation 6.2 dssp/disulfidize mover 六. 蛋白-蛋白對(duì)接基礎(chǔ) 目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測(cè)手段。 7 translat和rotation mover 7.1 low resolution的全局搜索 7.2 high resolution的精細(xì)調(diào)整 7.3 foldtree 七. 抗體設(shè)計(jì) 目標(biāo)：熟悉抗體模型預(yù)處理流程, 掌握rabd常用命令 8 抗體結(jié)構(gòu)文件的處理 8.1 pyigclassify 8.2 抗體抗原對(duì)接模型 8.3 cdr區(qū)優(yōu)化 8.4 framework區(qū)優(yōu)化 案例實(shí)踐：Ø ssd和msd設(shè)計(jì)任務(wù) 八. cartisenddg 突變掃描 九. rosettascript應(yīng)用 目標(biāo)：熟悉rosettascript開(kāi)發(fā)流程，了解序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)原理，完成從頭蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的操作練習(xí)。 9 序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì) 9.1 input和output flags控制輸入輸出 9.2 cleanatom結(jié)構(gòu)預(yù)處理 9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons 9.4 resfile等輔助文件 9.5 小改中改與大改 9.6 練習(xí)答疑 案例實(shí)踐：Ø fastdesign設(shè)計(jì)任務(wù)  了解更多 請(qǐng)關(guān)注公眾號(hào)：第一性原理計(jì)算與應(yīng)用 |
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