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計算機輔助藥物設計(CADD)如何入手,速看(包含gromacs)... 已有3人參與
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cadd蛋白結構分析、虛擬篩選、分子對接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽） 第一天上午 生物分子互作基礎 1.生物分子相互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數據庫 1. pdb 數據庫介紹 1.1 pdb蛋白數據庫功能 1.2 pdb蛋白數據可獲取資源 1.3 pdb蛋白數據庫對藥物研發(fā)的重要性 2.pdb 數據庫的使用 2.1 靶點蛋白結構類型、數據解讀及下載 2.2 靶點蛋白結構序列下載 2.3 靶點蛋白背景分析 2.4 相關數據資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結構 第一天下午 蛋白結構分析 1. pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結構疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 pymol動畫制作實例講解與練習： （1）尼洛替尼與靶點的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導出結合模式圖 （2）制作結合口袋表面圖 （3）bcr/abl靶點的pdb結構疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ace2和新冠病毒spike的蛋白晶體復合物，制作蛋白-蛋白相互作用 第二天上午 同源建模 1. 同源建模原理介紹 1.1 同源建模的功能及使用場景 1.2 同源建模的方法 2. swiss-model 同源建模； 2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法） 2.2 蛋白序列比對 2.3 蛋白模板選擇 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型評價（蛋白拉曼圖） 2.6 蛋白模型優(yōu)化 實例講解與練習：用2019-ncov spike蛋白序列建模，根據相應參數和方法評價模型 第二天下午 小分子構建 1. chemdraw軟件介紹 1.1小分子結構構建 1.2 小分子理化性質（如分子量、clogp等）計算 實例講解與練習：分別構建大環(huán)、氨基酸、dna、rna等分子 小分子化合物庫 1. 小分子數據庫 1.1 drugbank、zinc、chembl等數據庫介紹及使用 1.2 天然產物、中藥成分數據庫介紹及使用 第三天上午 生物分子相互作用Ⅰ 1. 分子對接基礎 分子對接原理及對接軟件介紹 2. 分子對接軟件（autodock) 使用 2.1半柔性對接 2.1.1 小分子配體優(yōu)化準備 2.1.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備 2.1.3 蛋白受體格點計算 2.1.4 半柔性對接計算 2.2對接結果評價 2.2.1 晶體結構構象進行對比 2.2.2 能量角度評價對接結果 2.2.3 聚類分析評價對接結果 2.2.4 最優(yōu)結合構象的選擇 2.2.5 已知活性化合物對接結果比較 實例講解與練習：激酶bcr/abl靶點抑制劑的半柔性對接 第三天下午 生物分子相互作用ii 2.3柔性對接 2.3.1 小分子配體優(yōu)化準備 2.3.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備 2.3.3 蛋白受體格點計算 2.3.4 柔性對接計算及結果評價 2.3.6 半柔性對接與柔性對接比較與選擇 實例講解與練習：bcr/abl靶點抑制劑的柔性對接 虛擬篩選 3. 分子對接用于虛擬篩選（autodock） 3.1 虛擬篩選定義、流程構建及演示 3.2 靶點蛋白選擇、化合物庫獲取 3.3虛擬篩選 3.4 結果分析（打分值、能量及相互作用分析） 實例講解與練習：bcr/abl靶點抑制劑的虛擬篩選 小分子格式轉換 1. openbabel的介紹和使用 1.1 openbabel軟件介紹 1.2 小分子結構類型 1.3 小分子結構類型轉換 答疑 針對前三天學習問題的答疑 第四天上午 拓展對接使用場景（上） 1.蛋白-蛋白大分子對接 1.1蛋白-蛋白對接的應用場景 1.2相關程序的介紹 1.3 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準備 1.4 載入受體和配體分子 1.5蛋白蛋白相互作用對接位點設定 1.6蛋白蛋白對接結果分析與解讀 實例講解與練習：新冠病毒spike蛋白及宿主蛋白ace2的對接 2.蛋白-多肽對接 2.1蛋白-多肽相互作用簡介 2.2蛋白-多肽分子預處理 2.3蛋白-多肽分子對接 2.4對接結果展示與分析 實例講解與練習：新冠靶點3cl與多肽/類多肽抑制劑的對接 3.含金屬離子的蛋白靶點與小分子對接 3.1 金屬酶蛋白-配體的相互作用介紹 3.2相關蛋白及配體分子的收集與預處理 3.3金屬離子的處理與準備 3.4金屬輔酶蛋白-配體的對接 3.5對接結果展示與分析 實例講解與練習：基質金屬蛋白酶mmp及其抑制劑對接 第四天下午 拓展對接使用場景（下） 4.小分子與小分子對接 4.1小分子-小分子相互作用簡介 4.2小分子結構預處理 4.3小分子-小分子對接 4.4對接結果展示與分析 實例講解與練習：環(huán)糊精與藥物小分子的對接 5.核酸-小分子對接 5.1核酸-小分子的應用場景 5.2核酸-小分子相互作用簡介 5.3核酸-小分子的預處理 5.4核酸-小分子對接 5.5相關結果的展示與分析 實例講解與練習：dna g-四鏈體和配體分子對接 6.共價對接 6.1共價對接的原理及應用場景 6.2蛋白和共價結合配體的預處理 6.3藥物分子與靶蛋白的共價對接 6.6相關結果的展示與分析 實例講解與練習：激酶靶點egfr抑制劑的共價對接 第五天上午 基于碎片藥物設計 1. 基于碎片藥物設計 1.1基于碎片的藥物設計與發(fā)現(xiàn) 1.2 基于碎片化合物庫構建 1.2.1 骨架替換 1.2.2 碎片連接 1.2.3 碎片生長 1.3 基于藥效團的化合物庫生成 1.4 基于蛋白結合口袋的化合物庫生成 1.5 基于分子描述符的化合物庫生成 1.6 基于breed規(guī)則的化合物庫構建 生成小配體碎片庫 1.7 基于碎片的化合物庫篩選 實例講解與練習：基于片段的bcr/abl靶點抑制劑優(yōu)化與改造 第五天下午 構效關系分析 1. 3d-qsar模型構建（sybyl軟件） 1.1 小分子構建 1.2 創(chuàng)建小分子數據庫 1.3 小分子加電荷及能量優(yōu)化 1.4 分子活性構象確定及疊合 1.5 創(chuàng)建3d-qsar模型 1.6 comfa和comsia模型構建 1.7 測試集驗證模型 1.8 模型參數分析 1.9 模型等勢圖分析 1.10 3d-qsar模型指導藥物設計 實例講解與練習：激酶靶點bcr/abl抑制劑的構效關系模型構建與活性預測 第六天全天 分子動力學模擬 1. 分子動力學簡介（gromacs軟件） 1.1分子動力學基本原理 1.2 linux 系統(tǒng)介紹 1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs） 2. gromacs 進行分子動力學模擬 2.1 配體分子的處理 2.2 蛋白結構的處理 2.3 修改蛋白坐標文件 2.4修改拓撲文件 2.5構建盒子并放入溶劑 2.6平衡系統(tǒng)電荷 2.7能量最小化 2.8 nvt平衡 2.9 npt平衡 2.10 產出動力學模擬 3. 分子動力學結果分析 3.1軌跡文件觀察 3.2能量數據作圖 3.3 軌跡修正處理 3.4 回旋半徑分析 3.5 計算蛋白構象的rmsd 變化 3.6計算原子位置的rmsf變化 3.7 蛋白配體構象聚類 3.8蛋白配體相互作用氫鍵分析 3.9 蛋白配體相互作用能分析 實例講解與練習： （1）水中的溶菌酶純蛋白模擬 （2）t4溶菌酶及配體復合物模擬 答疑 針對后三天學習問題的答疑  了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用 |
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