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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者寒鴉歸渡將贈(zèng)送您 20 個(gè)金幣 | ||
寒鴉歸渡新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
芽孢桿菌鑒定，兩個(gè)基因聯(lián)合建立進(jìn)化樹(shù) 已有2人參與
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| 手上有一株芽孢桿菌，送了兩家公司測(cè)序鑒定，得到的結(jié)果不一樣，但是在ncbi上的相似度都很高。一家用的引物是8F和16SR，一家用的是27F和1492R，想問(wèn)一下能不能用這兩家公司給的結(jié)果一起建進(jìn)化樹(shù)來(lái)確定最終的結(jié)果，具體應(yīng)該怎么做？ |
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2樓2023-04-21 11:32:39
陳詞陳語(yǔ)
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【答案】應(yīng)助回帖
| 一般確定細(xì)菌的種屬用27F/1492R擴(kuò)增出的16S序列就行，擴(kuò)出的16S序列基本上算是全長(zhǎng)了。NCBI上BLAST的分類(lèi)不詳細(xì)，可以利用細(xì)菌16S分類(lèi)的權(quán)威網(wǎng)站Ezbiocloud，只要跟其菌的序列相似度大于98.7%就能確定到對(duì)應(yīng)的種，小于則是到屬，一般要是小于95%就可以定為一個(gè)新屬了。若還想更確切的分類(lèi)結(jié)果，那就測(cè)定菌的基因組信息，可用利用GTDB-tk來(lái)利用基因組信息構(gòu)建基因組進(jìn)化樹(shù)。這就要比僅靠16S分類(lèi)更可靠。 |
3樓2023-05-07 23:05:17
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