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Lionzaka新蟲 (初入文壇)
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[交流]
小白提問 關(guān)于單位轉(zhuǎn)換
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剛剛接觸LAMMPS，本身物理基礎(chǔ)也不是很好，不太會設(shè)置一些參數(shù)。本人主要使用LAMMPS研究聚電解質(zhì)溶液。 選用LJ相互作用勢，將LJ表達(dá)式中ε作為能量單位；將庫倫能作為靜電相互作用，庫倫強(qiáng)度系數(shù)Γ=lb/l0，lb是Bjerrum長度，l0是長度單位。Γ取值在0.1-7.0之間。在使用郎之萬動力學(xué)進(jìn)行模擬時，需提供溫度，想知道如何計算溫度。 如果按照能量單位來說，ε=kbT，那這里T豈不是1/kb? 以及在Bjerrum長度中有真空介電常數(shù)，這個要如何轉(zhuǎn)換為單位為lj下的數(shù)值？ 下面是in文件。 # BD simulation of polyelectrolyte polymer in counterion ion echo screen units lj # 單位 dimension 3 # BOX維度 #newton on # 默認(rèn)是on，體系特別大的時候可以off boundary p p p # 周期性邊界 atom_style full # 原子類型 重點(diǎn)需要搞清楚 bond_style harmonic # 設(shè)置鍵、角相互作用 angle_style harmonic read_data data.file # 讀取data文件 pair_style lj/cut/coul/long 1.12246 8.0 # 設(shè)置對相互作用 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 pair_coeff 1 2 1.0 0.8 0.898 # 0.8*1.12246 pair_coeff 2 2 1.0 0.6 0.673 # 0.6*1.12246 pair_modify shift yes #保證能量在截斷點(diǎn)時為0 #pair_style soft 1.12246 #pair_coeff * * 10.0 bond_coeff 1 5000.0 1.0 #鍵、角的系數(shù) angle_coeff 1 50.0 180.0 kspace_style pppm 1.0e-4 kspace_modify order 6 ########################################### # 能量最小化 minimize 1.0e-4 1.0e-6 10000 100000 # 寫fix語句，實(shí)現(xiàn)分子動力學(xué)模擬-郎之萬動力學(xué) neighbor 0.3 bin #neigh_modify every 2 delay 10 check yes page 100000 #delay 10 代表隔10步 velocity all create 1.2 4928459 rot yes dist gaussian fix 10 all nve fix 20 all langevin 1.2 1.2 1000.0 699483 #zero yes thermo 1000 thermo_style custom step temp pe etotal press vol # 弛豫過程 dump 1 all atom 1000 dump1.lammpstrj #收集數(shù)據(jù),隔1000步收集一個 run 10000 # data collection undump 1 dump 2 all custom 1000 dump2.lammpstrj id type mol x y z vx vy vz fx fy fz run 100000 |
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Lionzaka
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2樓2023-03-02 17:33:38
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