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哪種結(jié)構(gòu)搜索程序比較容易入門，求推薦 已有1人參與
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paramecium86
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2023-02-14 13:59:34
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構(gòu)象搜索程序么？ 一般是用 1. 單鍵旋轉(zhuǎn)的窮舉搜索法 基于這種算法的有spartan(收費，老版本能搜到不可描述版） gmmx （ GaussView的插件。收費。操作簡單） pcmodel10（ 免費， 基本和gmmx用相同的算法，兼容高斯的輸入輸出文件） conflex （收費）openbabel （遺傳算法，免費） 2. 基于分子動力學(xué) 代表性的有xtb+crest做 metadynamics 或者用xtb直接跑動力學(xué)搭配molclus（流程見sob的帖子。https://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html ） 我教程（1.6版本）的附錄里比較了幾種構(gòu)象搜索算法以及簡單的操作流程。http://m.gaoyang168.com/t-14242735-1 以上是單分子的構(gòu)象搜索。如果是需要多分子組合成團簇來搜索結(jié)構(gòu)那可以嘗試張鋆老師的 abcluster https://bbs.keinsci.com/thread-26088-1-1.html |
2樓2023-02-14 09:28:26
3樓2023-02-14 21:27:20
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5樓2023-02-17 22:43:05
paramecium86
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6樓2023-02-18 09:32:25
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