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彩虹豬頭吧新蟲 (小有名氣)
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[求助]
有沒有更好的方法去更換vmd轉(zhuǎn)化后data文件的原子、鍵、二面角類型？
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| 各位老師好。我通過packmol構(gòu)建了含有30個碳酸丙烯酯分子（結(jié)構(gòu)式如圖）的box，經(jīng)過vmd把得到的pdb文件轉(zhuǎn)化為data文件（要在lammps運行）。但是經(jīng)過vmd的topo轉(zhuǎn)化后的data文件有一個很大的問題就是，其定義的原子類型，準(zhǔn)確說的不是原子類型，而是元素類型，自然的，data文件內(nèi)的鍵類型和二面角類型也是依靠元素類型去定義的。然而在oplsaa力場下，碳酸丙烯酯分子上屬于同元素但不同位置的原子是需要定義不同的原子類型的，因為涉及到bond_coeff 以及 angle_coeff命令下力場參數(shù)的不同。如果要去一一修改data文件是非常繁雜的，一方面分子個數(shù)較多；另一方面鍵、角、二面角都是通過元素定義的，需要一個一個甄別并修改。所以，我想請教各位如下：1.通過packmol建模后經(jīng)vmd轉(zhuǎn)化獲取data文件的方法能否實現(xiàn)快速地對同元素但是不同位置原子類型的自定義呢？ 2.如果這種方法行不通，那么我應(yīng)該采取哪種建模方法能夠得到data文件呢？（LiaParGen只能導(dǎo)出一個分子的data格式，ATB數(shù)據(jù)庫又不太支持導(dǎo)出lammps的全原子力data文件場下的） |
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