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yexuqing木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
太陽系系主任
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深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)先導(dǎo)編輯效率和產(chǎn)物純度
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深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)先導(dǎo)編輯效率和產(chǎn)物純度 瑞士蘇黎世大學(xué)的Gerald Schwank和Michael Krauthammer合作，研究通過深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)先導(dǎo)編輯的效率和編輯產(chǎn)物的純度。相關(guān)成果1月16日在線發(fā)表于《自然-生物技術(shù)》。 先導(dǎo)編輯是一種通用的基因組編輯工具，但需要對(duì)先導(dǎo)編輯器的引導(dǎo)RNA（pegRNA）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)優(yōu)化以實(shí)現(xiàn)較高的編輯效率。 研究人員進(jìn)行了高通量篩選，以分析92423個(gè)pegRNA對(duì)13349個(gè)人類致病性突變（包括堿基替換、插入和缺失）的主要編輯結(jié)果�；谠摂�(shù)據(jù)集，研究人員識(shí)別出影響先導(dǎo)編輯的序列背景特征，并訓(xùn)練了PRIDICT（先導(dǎo)編輯pegRNA預(yù)測(cè)工具），這是一個(gè)基于注意力的雙向遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。PRIDICT可靠地預(yù)測(cè)了所有小規(guī)模遺傳變化的編輯效率，對(duì)于靶標(biāo)和非靶標(biāo)的編輯，Spearman R分別為0.85和0.78。 研究人員在內(nèi)源性編輯位點(diǎn)和外部數(shù)據(jù)集上驗(yàn)證了PRIDICT，并顯示PRIDICT評(píng)分高（>70）和低（<70）的pegRNA在體外不同細(xì)胞類型（12倍）和體內(nèi)肝細(xì)胞（10倍）中編輯效率顯著提高，突出了PRIDICT在基礎(chǔ)和轉(zhuǎn)化研究應(yīng)用中的價(jià)值。 相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/s41587-022-01613-7 |
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