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A小科研新蟲 (小有名氣)
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[交流]
（CADD+AIDD+AMBER＋GROMACS）學(xué)習(xí)
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（CADD+AIDD+AMBER＋GROMACS） 專題一：CADD 蛋白結(jié)構(gòu)分析、虛擬篩選、分子對(duì)接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽等） 生物分子互作基礎(chǔ)、蛋白數(shù)據(jù)庫、蛋白結(jié)構(gòu)分析、同源建模、 小分子構(gòu)建、小分子化合物庫、生物分子相互作用Ⅰ、生物分子相互作用II 、虛擬篩選、小分子格式轉(zhuǎn)換、拓展對(duì)接使用場(chǎng)景（上）、拓展對(duì)接使用場(chǎng)景（下） 、基于碎片藥物設(shè)計(jì)、構(gòu)效關(guān)系分析、分子動(dòng)力學(xué)模擬 專題課程二：AMBER 分子動(dòng)力學(xué)能量?jī)?yōu)化與分析、結(jié)合自由能計(jì)算專題 分子動(dòng)力學(xué)入門理/論 、 LINUX入門、AMBER簡(jiǎn)介及安裝、研究對(duì)象模型獲取 、研究對(duì)象模型構(gòu)建 、分子動(dòng)力學(xué)模擬 、結(jié)合自由能計(jì)算、可視化軟件 、 基于分子動(dòng)力學(xué)的軌跡特征獲取、 基于能量的相互作用機(jī)理分析 、經(jīng)典工作復(fù)現(xiàn) 專題課程三：GROMACS 分子動(dòng)力學(xué)蛋白模擬、藥物開發(fā)溶劑篩選專題 分子模擬基礎(chǔ)理論 、 GROMACS程序入門——學(xué)會(huì)編譯方法，安裝自己的GROMACS可執(zhí)行程序，并運(yùn)行一個(gè)例子。 生物體系建�！莆詹煌w系快速搭建方法，使學(xué)員具有扎實(shí)的建�；A(chǔ) 模擬結(jié)果分析——掌握不同生物體系所需分析方法，生成拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和坐標(biāo)文件 水溶性蛋白質(zhì)和配體作用分子動(dòng)力學(xué)模擬 分子動(dòng)力學(xué)結(jié)果分析 生物膜磷脂雙分子層生物膜、膜蛋白等建模 蛋白質(zhì)結(jié)合自由能計(jì)算（傘形采樣法為例） 藥物分子開發(fā)溶劑篩選 專題課程四：AIDD 人工智能（機(jī)器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí)）輔助藥物發(fā)現(xiàn)專題 計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)、Anaconda3 的安裝配置、AIDD 簡(jiǎn)介——分類和回歸任務(wù)、基于淺層機(jī)器學(xué)習(xí)的藥物 發(fā)現(xiàn)（目標(biāo)：引導(dǎo)學(xué)員自行實(shí)現(xiàn)基于其他三種算法如KNN，SVM，XGBoost 的毒性 預(yù)測(cè)模型，并用于小分子化合物的毒性預(yù)測(cè)） 基于淺層學(xué)習(xí)的藥物發(fā)現(xiàn)——回歸任務(wù) 基于深度學(xué)習(xí)的藥物發(fā)現(xiàn) 使用 DNN，GCN，GAT 等主流深度學(xué)習(xí)模型進(jìn)行實(shí)操 詳情請(qǐng)見公眾號(hào)（科研技術(shù)）文章： 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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