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s99r新蟲(chóng) (初入文壇)
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使用NAMD球形邊界條件計(jì)算離子的溶劑化能時(shí)出現(xiàn)dG=99999.9
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大家好，我最近在使用NAMD球形邊界條件計(jì)算離子在水球中的溶劑化自由能，使用FEP法嘗試NH4+在2nm水球中的溶解，但在輸出的.fepout文件中：lambda從1到0.9，出現(xiàn)了dG=9999999.99。于是我先嘗試了官網(wǎng)上的例子，應(yīng)用球形邊界的泛素在水球中的md過(guò)程跑成功了，然后將其中一個(gè)水分子設(shè)置為解耦分子，加上FEP相關(guān)參數(shù)設(shè)置后，還是出現(xiàn)了dG=9999999.99，有文獻(xiàn)使用OpenMM軟件，F(xiàn)EP法計(jì)算過(guò)離子在水球中的溶劑化能，所以球形邊界條件應(yīng)該和FEP法是可以一起用的，相關(guān)文件見(jiàn)鏈接，還請(qǐng)大神幫忙看一看該怎么處理，或者有相關(guān)計(jì)算經(jīng)驗(yàn)的能幫一下忙嘛？非常感謝 鏈接: https://pan.baidu.com/s/12qjDax9s7exBtE9BJW4bng 提取碼: 8n2r 復(fù)制這段內(nèi)容后打開(kāi)百度網(wǎng)盤(pán)手機(jī)App，操作更方便哦 |
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